Vidurinė žarna reiškia tarpinę virškinamojo trakto dalį, besitęsiančią nuo plonosios žarnos viršaus iki apytikslio storosios žarnos vidurio. Prieš jį yra priekinė žarna, kurią sudaro burna, stemplė, skrandis, kepenys, kasa, tulžies pūslė ir viršutinė dvylikapirštės žarnos dalis, pirmoji plonosios žarnos dalis. Po vidurinės žarnos atsiranda užpakalinė žarna, kurią sudaro skersinės storosios žarnos segmentas, nusileidžiančios ir sigmoidinės dvitaškis bei tiesioji žarna – visos storosios žarnos dalys. Į vidurinę žarną įeina pastarosios dvi iš keturių dvylikapirštės žarnos skyrių. Tai tuščioji žarna ir klubinė žarna, kurios taip pat yra plonosios žarnos dalys, o storojoje žarnoje – akloji žarna, kylančioji gaubtinė žarna ir viršutiniai du trečdaliai skersinės storosios žarnos.
Manoma, kad vidurinė žarna prasideda antrajame dvylikapirštės žarnos segmente, kur yra kasos latakas ir tulžies latakas ir kur vyksta didžioji dalis cheminio maisto skaidymo. Šie latakai, esantys vos kelis colius žemiau pylorus, įėjimo iš skrandžio į plonąją žarną, yra vadinamojoje nusileidžiančioje dvylikapirštės žarnos dalyje. Jie tiekia fermentus per kasos sultis ir tulžį, gaminamas kepenyse ir saugomas netoliese esančioje tulžies pūslėje, kurie suskaido maistą į makroelementų dalis: angliavandenius, riebalus ir baltymus.
Iš čia vidurinė žarna vingiuoja per dvi distalines arba apatines dvylikapirštės žarnos dalis ir patenka į tuščiąją žarną plonosios žarnos viduryje. Tuščiojoje žarnoje daugelis maistinių medžiagų, išsiskiriančių dvylikapirštėje žarnoje, absorbuojamos per žarnyno sienelės epitelio ląsteles, įskaitant cukrų, gliukozę ir fruktozę iš angliavandenių, aminorūgštis iš baltymų ir keletą vitaminų bei mineralų. Nepasisavintos maistinės medžiagos ir vanduo teka per klubinę žarną, kitą plonosios žarnos dalį. Čia pasisavinamos papildomos nesuvirškintos maistinės medžiagos, įskaitant vitaminą B12, riebalų rūgštis ir glicerolį, susidarantį skaidant riebalus, taip pat šalutinius virškinimo produktus, tokius kaip tulžies druskos.
Žemiau tuščiosios žarnos vidurinėje žarnoje yra akloji žarna, kuri signalizuoja apie storosios žarnos pradžią, virškinamojo trakto dalį, atsakingą už vandens, druskos ir keleto likusių vitaminų pasisavinimą bei atliekų pašalinimą iš organizmo. Nuo aklosios žarnos staigiai išlinkusi į viršų yra kylanti dvitaškis, kuris po to staigiai pasisuka 90 laipsnių kampu ir suformuoja skersinę storąją žarną. Skersinė dvitaškis yra daugiau ar mažiau viename lygyje su viršutinėmis vidurinės žarnos ribomis. Pirmieji du trečdaliai jo ilgio yra įtraukti į vidurinę žarną, o likęs ilgis sudaro užpakalinės žarnos pradžią, esančią greta blužnies.