Organizacinė struktūra – tai struktūra, pagal kurią yra prižiūrimi verslo ar organizacijos darbuotojai ir paskirstomos užduotys. Nors tokia tvarka turi didelę reikšmę bendram būdui, kuriuo organizacija pasiekia savo tikslus, ji taip pat stipriai veikia konkrečių projektų valdymą. Organizacinės struktūros vaidmuo projektų valdyme yra svarbus, nes organizacijos priežiūros ir užduočių paskirstymo struktūros tiesiogiai veikia tam tikrus projektus dirbančių žmonių ar grupių lūkesčius, autonomijos lygį, lankstumą. Organizacinė struktūra taip pat gali turėti įtakos tam, kaip įvairios projekte dirbančios grupės sąveikauja tarpusavyje ir kaip paskirstomi riboti projekto ištekliai.
Daugelio organizacijų struktūra yra griežtai hierarchinė, o tai reiškia, kad yra griežtai apibrėžta valdžios struktūra, kurioje viršininkai priima sprendimus, nukreipiančius jų pavaldinių veiksmus. Hierarchinė organizacinė struktūra paprastai užtikrins projektų valdymo stabilumą ir efektyvumą. Vadovai priima pagrindinius sprendimus dėl projekto eigos, laiko juostos ir užduočių bei išteklių paskirstymo, o jų pavaldiniai atlieka užduotis mažai arba visai neturėdami savarankiškumo. Tokio tipo organizacinė struktūra gali padėti greitai užbaigti projektą ir efektyviai panaudoti išteklius.
Kitos organizacinės struktūros, nors apskritai vis dar yra hierarchinės, suteikia daug savarankiškumo projektų valdymui. Šios projektų valdymo organizacinės struktūros tikslas – suteikti daugiau galimybių kūrybiškumui ir inovacijoms. Projektus dažnai užbaigia nedidelės, savarankiškos „komandos“, turinčios savo organizacines struktūras. Nors tikimasi, kad komandos ar savarankiški asmenys praneš apie savo pažangą vadovams, jiems dažnai nereikia laikytis griežto laiko grafiko ir jie gali patys nustatyti geriausią būdą užbaigti projektą. Tokio tipo struktūra dažnai lemia lėtesnį projekto užbaigimą ir ne tokį efektyvų išteklių naudojimą, tačiau ji yra palanki naujovėms, kurios gali labai padidinti konkretaus projekto vertę.
Organizacinė struktūra gali paveikti projekto valdymą keliais kitais būdais. Kai kuriais atvejais, pavyzdžiui, organizacijos struktūra apima išsamias mokymo programas, kurios gali pagerinti vadovų ir darbuotojų gebėjimus įgyvendinti tam tikrus projektus. Kai kurios struktūros supaprastina projekto valdymo projektą ir leidžia efektyviai naudoti išteklius bei darbuotojus. Kitos, ypač pernelyg sudėtingos struktūros, gali tiesiog apsunkinti projekto valdymą ir sukelti neįveikiamas biurokratines kliūtis projekto valdymui ir užbaigimui.