Organizacinė struktūra yra verslo valdymo ir darbo paskirstymo būdo modelis. Tipinė programinės įrangos įmonės organizacinė struktūra labai priklauso nuo jos dydžio. Mažesnėms įmonėms, turinčioms vieną ar dvi vietas ir ribotą sandorių kiekį, gali nereikėti sudėtingų struktūrų. Vietoje to prezidentas arba generalinis direktorius (CEO) gali paskirstyti užduotis keliems žmonėms. Tačiau įmonės, parduodančios įvairius produktus ir galinčios turėti verslo interesų įvairiose pasaulio vietose, struktūra paprastai reikalauja, kad generalinis direktorius prižiūrėtų sudėtingesnes struktūras.
Generalinis direktorius paprastai atsako direktorių valdybai, kuri tvirtina sprendimus dėl įmonės organizacinių pokyčių. Didesnėse organizacijose įprasta, kad generalinis direktorius dirba su vyriausiuoju operatyviniu pareigūnu (COO). Daugeliu atvejų šie vadovai prižiūri tris skirtingus programinės įrangos įmonės aspektus: programinės įrangos kūrimą, finansus ir rinkodarą. Vadovas paprastai prižiūri kiekvieną iš šių funkcijų.
Organizacinė struktūra gali skirtis, kai programinės įrangos įmonė turi kelias geografines vietoves. Užuot padalinus organizaciją į pagrindines funkcijas, planas gali deleguoti kiekvienai vietai atsakomybę už savo finansus, gamybą ir rinkodarą. Tokiais atvejais koordinatoriai arba COO paprastai užtikrina, kad kiekviena vieta laikytųsi įmonės standartų ir dirbtų siekdama įmonės tikslų.
Programinės įrangos kūrimo funkcijos yra gyvybiškai svarbios programinės įrangos įmonei. Plėtrai dažnai reikalinga sudėtinga organizacinė struktūra. Pavyzdžiui, kūrimo grupė turėtų turėti projektų vadovus, kuriuos paskiria vyriausiasis technologijų pareigūnas (CTO). Testuotojai, programuotojai ir inžinieriai atlieka svarbų vaidmenį kuriant programinę įrangą.
Programinės įrangos įmonės organizacinė struktūra taip pat turėtų apimti informaciją apie darbo eigą ir komunikaciją. Rinkodaros skyrius turi bendrauti su programinės įrangos kūrimu, kad užtikrintų, jog projektai atitiktų klientų lūkesčius. Kompiuterių tinklai tapo svarbia bet kokios organizacinės struktūros dalimi.
Augant įmonei turėtų keistis jos organizacinė struktūra. Dėl šios priežasties dažnai manoma, kad struktūra yra nuolat tobulinama. Įprasta, kad vadovas analizuoja procesus realiu laiku ir keičia darbo paskirstymo būdą, kad pagerintų procesus. Programinės įrangos įmonės dažniausiai yra orientuotos į klientus, todėl vadovai taip pat dažnai keičia rinkodarą, kad atitiktų naujų produktų ar pomėgių poreikius.
Kai įvyksta susijungimai ir įsigijimai, organizacinė struktūra taip pat turėtų prisitaikyti. Be to, dėl plėtimosi darbas ir atsakomybė gali būti perduodami įvairiais būdais. Įprasta, kad struktūroje yra veiksmų, kurių reikėtų imtis nenumatytų įvykių, pvz., pavojų aplinkai, atveju.