Žmogaus kūnas turi daugybę pagrindinių organų sistemų, reikalingų įvairioms funkcijoms atlikti. Kai kurios iš svarbiausių kūno sistemų yra nervų sistema, kuri kontroliuoja ir koordinuoja kūną ir apima smegenis, nugaros smegenis ir nervus; kraujotakos sistema, kuri pumpuoja kraują visame kūne ir apima širdį, kraujagysles ir patį kraują; ir kvėpavimo sistema, kuri reguliuoja deguonies mainus ir apima plaučius, diafragmą, bronchus, gerklas ir trachėją. Skeleto ir raumenų sistema apima tiek kaulus, tiek raumenis ir suteikia žmogaus kūnui atramą bei struktūrą, taip pat galimybę judėti. Maisto medžiagas apdoroja ir pasisavina virškinimo sistema, o atliekas pašalina virškinimo ir šlapimo sistema. Kitos svarbios organizmo sistemos yra endokrininė sistema, imuninė sistema, limfinė sistema ir reprodukcinė sistema.
Be nervų sistemos kitos kūno sistemos išsijungtų. Naudodama nervines ląsteles, vadinamas neuronais, nervų sistema siunčia signalus į skirtingas kūno dalis, sukeldama savanoriškus ir nevalingus atsakus, tokius kaip valingo raumenų susitraukimas ar širdies plakimas. Žmonių ir daugumos kitų stuburinių gyvūnų centrinėje nervų sistemoje yra smegenys ir nugaros smegenys, kurios perduoda signalus į likusios kūno dalies nervų tinklą, vadinamą periferine nervų sistema.
Kita gyvybiškai svarbi sistema yra kraujotakos sistema, tiksliau, širdies ir kraujagyslių sistema, kuri yra pagrindinis transporto mechanizmas, pernešantis dujas, maistines medžiagas, hormonus ir kraujo ląsteles visame kūne. Viena iš kraujotakos sistemos pernešamų dujų yra deguonis, kuris gaunamas, kai kraujas per plaučius pernešamas per plaučių apykaitą. Kraujo aprūpinimas deguonimi yra viena iš pagrindinių kvėpavimo sistemos funkcijų. Oro įkvėpimas prasideda susitraukiant diafragmos raumenims, leidžiantiems išsiplėsti šonkaulių narveliui ir sukelti krūtinės ląstos siurbimą, kuris traukia orą žemyn į plaučius. Deguonis patenka į kraują difunduodamas per tuščiavidures anatomines plaučių struktūras, vadinamas alveoles, kurios taip pat paima anglies dioksidą iš kraujotakos, kad jį būtų galima iškvėpti.
Energiją žmogus gauna virškindamas maisto maistines medžiagas su kita kūno sistema – virškinimo sistema. Virškinimas prasideda burnoje, o maistas skaidomas kramtant ir cheminiu būdu veikiant seilių liaukoms. Tada kramtytas maistas, vadinamas boliusu, nuryjamas, keliaujant per stemplę į skrandį, kur skrandžio sultys toliau skaido maisto molekules. Kietosios atliekos iš skrandžio keliauja per plonąją ir storąją žarnas ir išsiskiria su išmatomis. Šlapimo sistema yra atsakinga už skystų atliekų pašalinimą, o inkstai filtruoja atliekas ir išskiria jas į šlapimo pūslę, kur jos laikomos tol, kol pašalinamos iš organizmo šlapimo pavidalu.
Endokrininė sistema yra sistema, kurią daugiausia sudaro hormonus išskiriančios liaukos. Endokrininės sistemos išskiriami hormonai padeda reguliuoti organizmo veiklą. Tiek imuninė, tiek limfinė sistema prisideda prie žmogaus kūno apsaugos, kovodama su ligomis ir pašalindama pašalines medžiagas ir atliekas. Reprodukcinė sistema apima tiek patinų, tiek patelių lytinius organus, o pagrindinė jos funkcija yra susilaukti palikuonių.