Visuotinė kokybės vadyba – tai kokybės užtikrinimo sistema, kurią įmonės gali įdiegti savo veikloje. Nors sistema atneša daug privalumų verslui, yra ir keletas visuotinės kokybės valdymo trūkumų. Šie trūkumai gali apimti dideles diegimo išlaidas, neregėtą naudą ankstyvoje stadijoje ir darbuotojų pasipriešinimą pokyčiams. Įmonės turi pasverti naudą ir trūkumus, kad įvertintų, ar visapusiškas kokybės valdymas veiks versle, ar ne. Tvirtas supratimas apie galimus nuosmukius taip pat gali padėti įmonei įvertinti integracijos procesą, jei reikia.
Kaip ir bet koks didelis verslo pokytis ar pokytis, visuotinės kokybės valdymas dažnai yra brangus projektas. Savininkai ir vadovai turi kruopščiai apskaičiuoti išlaidas, susijusias su kokybės užtikrinimo programa. Taip pat būtina išanalizuoti įgyvendinimo naudą. Daugeliu atvejų visuotinės kokybės valdymas nėra verslo veikla, duodanti pajamas. Dauguma naudos yra nefinansinės; todėl įmonės negali tikėtis apmokėti tiesioginių šios programos sąnaudų per didesnius pardavimus – bene reikšmingiausią iš visų visuotinės kokybės vadybos trūkumų.
Panašiai kaip ir sąnaudų ir naudos analizėje, visuotinės kokybės valdymo nauda gali būti ne tokia, kurios verslas iš karto patiria. Visuotinės kokybės valdymas turi prasidėti gerokai anksčiau, nei įmonė pastebėjo kokių nors klientų pasitenkinimo ar kitų pokyčių. Pagrindinė problema yra tai, kad įmonė išleidžia pinigus projektui, kuris gali duoti apčiuopiamos naudos arba ne. Savininkai ir vadovai gali greitai pavargti nuo projekto, kuris neduoda realios, tiesioginės naudos. Diegimo išlaidos, kurios ir toliau didėja, taip pat gali sumažinti bet kokią naudą, kuri gali atsirasti dėl visuotinės kokybės valdymo.
Kitas visuotinės kokybės vadybos trūkumas – atsparumas pokyčiams. Vadovai ir darbuotojai gali nebūti imlūs standartinės verslo praktikos pokyčiams. Savininkai ir vadovai turi sugebėti įrodyti, kodėl visapusiška kokybės vadyba sukurs geresnę nei anksčiau darbo aplinką. Be to, kiekvienas skyrius turi pasiekti potencialią naudą kaip tikslą. Lėtas įgyvendinimas arba tiesioginės naudos nebuvimas taip pat gali padidinti pasipriešinimą pokyčiams.
Įmonė gali patirti skirtingus visuotinės kokybės valdymo trūkumus, palyginti su čia išvardytais. Operacijų ir valdymo komanda dažnai yra du veiksniai, lemiantys visuotinės kokybės vadybos sėkmę. Pavyzdžiui, įmonei, kurioje daugiausia dirba nekvalifikuoti darbuotojai, gali būti sunku sėkmingai įgyvendinti visuotinės kokybės valdymą. Kitas trūkumas gali būti nesugebėjimas gauti naudos iš verslo veiklos pasikeitimo. Rezultatas – papildomos išlaidos ir griežtesnės veiklos sąlygos darbuotojams.