Vidinė organizacinė struktūra yra konkretus būdas, kuriuo organizacija, pavyzdžiui, verslas, labdaros grupė ar mokykla, yra sutvarkyta siekiant savo tikslų. Ši organizacinė struktūra apima užduočių paskirstymą, priežiūros struktūrą, hierarchiją ir kitus klausimus, turinčius įtakos organizacijos veiklos būdui. Jis gali skirtis atsižvelgiant į organizacijos pobūdį ir tikslus, taip pat gali skirtis atsižvelgiant į atsakingų asmenų pageidavimus ir idealus. Pavyzdžiui, viena vidinė organizacijos struktūrinė sistema gali būti pagrįsta griežta hierarchine kontrolės struktūra, o kita gali apimti daug mažesnę priežiūrą. Pirmojo tikslas greičiausiai yra stabilumas ir efektyvumas, o antrasis – kūrybiškumas ir lankstumas.
Daugumos organizacijų vidinė organizacinė struktūra visų pirma grindžiama personalo išdėstymu ir grupavimu užduotims atlikti. Pavyzdžiui, stipriai hierarchinei struktūrai būdingi „greitai“, kuriuose viršininkai nukreipia savo pavaldinių veiksmus į įmonės tikslus. Aukštesnio rango asmenys prižiūri ir skiria užduotis savo pavaldiniams. Ši struktūra palaiko pagrindinį būdą, kuriuo atliekamos užduotys, kurios galiausiai prisideda prie verslo tikslų.
Kai kuriose organizacijose yra padalinių, kurie yra specialiai skirti vidinės organizacinės struktūros priežiūrai ir vykdymui, užtikrinant papildomą darbuotojų priežiūrą ir stebint užduotis, kurios nėra tiesiogiai susijusios su įmonės tikslais. Pavyzdžiui, žmogiškųjų išteklių skyrius arba darbo užmokesčio skyrius gali tiesiogiai neprisidėti prie gamyklos našumo, tačiau jie padeda sklandžiai veikti vidaus organizacinei sistemai. Tokie skyriai gali tvarkyti svarbias logistikos problemas, todėl tie, kurie tiesiogiai užsiima tam tikros veiklos produktyvumo palaikymu ar gerinimu, nesiblaško nuo jų.
Daugelis skirtingų vidinės organizacinės struktūros formų, išskyrus hierarchinę organizavimą, pasirodė esančios gana veiksmingos siekiant įvairių skirtingų institucinių tikslų. Pavyzdžiui, kai kurios organizacijos yra pagrįstos mažomis „komandomis“, kurios turi didelę autonomiją ir neprivalo nuolat atsiskaityti viršininkui. Kai kurie netgi suteikia didelę asmeninę autonomiją, nors beveik visada būtina tam tikra atskaitomybė. Internetas leido sukurti organizacines struktūras, kurios pirmiausia egzistuoja internete. Apskritai geriausios organizacinės struktūros pirmiausia grindžiamos organizacijos tikslais.