Česnako fermentai moksliškai žinomi kaip aliinazės fermentai. Šie fermentai paverčia aliną, česnako aminorūgštį, į aliciną – fitocheminę medžiagą, kuri mažina kraujospūdį, mažina cholesterolio kiekį ir stiprina imuninę sistemą. Aliinazės fermentai suaktyvėja tik tada, kai išsiskiria pjaustant, kramtant, smulkinant ar traiškant česnaką. Manoma, kad česnako fermentai yra galingiausi česnako komponentai, jie yra atsakingi už tai, kad daržovės suteiktų išskirtinį skonį ir kvapą.
Daugiausia česnako išsiskiriančiame aliejuje esantys česnako fermentai yra neaktyvūs česnako ląstelių membranose, kol česnaku nepaveikiama. Pjaustymas ir smulkinimas sunaikina membranas, išlaisvina fermentus. Kaitinimas ir virimas turi priešingą poveikį ir gali sunaikinti daugumą česnakuose esančių fermentų.
Be sveiko, šviežio česnako, česnako fermentų yra keturiuose papildų variantuose: česnako aliejaus maceratas, česnako ekstraktas, česnako eterinis aliejus, paimtas iš malto česnako, ir česnako milteliai, pagaminti iš malto, džiovinto česnako. Pastarasis – įprastas prieskonis. Tačiau keli tyrimai ginčija, kad česnako fermentai papilduose yra neveiksmingi. Laboratoriniuose tyrimuose buvo įrodyta, kad tik ekstrakto papildo forma, naudojama lokaliai, turi tam tikrą naudą.
Sveikatos srityje česnako fermentai laikomi baktericidais, galinčiais sunaikinti kenksmingas bakterijų padermes. Dėl šios priežasties česnakas buvo naudojamas gerklės ir kitų infekcijų gydymui. Kai kurie tyrimai rodo, kad šie fermentai taip pat gali sunaikinti virusus; šios žinios paskatino česnaką vartoti sergančius žmogaus imunodeficito virusu (ŽIV), herpesu ir kitomis lytiškai plintančiomis ligomis.
Česnako fermentų naudojimas gydant mažiausiai penkias vėžio rūšis išlieka labiausiai paplitęs česnako naudojimas sveikatai. Remiantis medicininiais duomenimis, gausus česnako vartojimas gali užkirsti kelią gaubtinės žarnos ir skrandžio vėžiui arba jį išgydyti. Piktybiniai navikai stemplėje, krūtyse ir kasoje taip pat reaguoja į česnaką. Tyrimai rodo, kad fermentų nauda nepasireiškia naudojant izoliuotus fermentus, o tik tada, kai aliinazės sudėtyje yra kitų fitochemikalų česnakuose, tokių kaip alinas ir alicinas. Dėl šios priežasties daugelis mano, kad geriausias būdas vartoti fermentus yra reguliariai vartoti visą česnako skiltelę; sveikatos gynėjai siūlo vieną gvazdikėlį per dieną.
Medicinos bendruomenėje atsirado keletas teorijų, paaiškinančių česnako fermentų poveikį vėžiui. Viena teorija teigia, kad česnakuose esantys fermentai ir kitos cheminės medžiagos slopina kancerogenų aktyvumą. Kita teorija teigia, kad česnakai gali sustabdyti vėžio ląstelių dauginimąsi ir atstatyti pažeistas ląsteles, kad jos vėl būtų sveikos. Papildoma teorija teigia, kad česnako vartojimas sukelia vėžio audinių mirtį.