Nors multivitaminai paprastai laikomi teigiamu kasdienės rutinos papildymu, gali pasireikšti tam tikras šalutinis poveikis. Dažniausias multivitaminų šalutinis poveikis paprastai yra pykinimas, vidurių užkietėjimas ir viduriavimas. Kai kuriems žmonėms taip pat gali pasireikšti alerginė reakcija, kuriai paprastai būdingas pasunkėjęs kvėpavimas, dilgėlinė, niežulys ir veido, lūpų ar liežuvio patinimas. Kai kurie multivitaminuose esantys mineralai gali turėti net sunkesnį šalutinį poveikį, įskaitant tulžies akmenis, širdies užsikimšimą, inkstų akmenis ir organų nepakankamumą.
Kai kurie dažni šalutiniai multivitaminų poveikiai yra laikini ir turėtų išnykti laiku, kai organizmas prisitaikys prie vitamino. Pavyzdžiui, kai kurie žmonės pirmą kartą vartodami multivitaminus jaučia pykinimą, vidurių užkietėjimą ar viduriavimą. Kai kuriuose vitaminuose yra mineralų, kurie gali sukelti šalutinį poveikį, kuris yra varginantis, bet nebūtinai žalingas. Vienas iš pavyzdžių yra tai, kad multivitaminai, kurių sudėtyje yra geležies, gali pakeisti išmatų spalvą. Šis šalutinis multivitaminų poveikis paprastai nereikalauja vartotojų nutraukti jų vartojimo, nebent jie neišnyksta praėjus tam tikram laikui po to, kai juos įtraukiama į kasdienę rutiną.
Yra rimtesnių šalutinių multivitaminų poveikių, kurie nelaikomi normaliais, ir apie juos reikia nedelsiant pranešti gydytojui, nutraukus vitaminų vartojimą. Dauguma jų yra susiję su atsitiktiniu vitamino perdozavimu, kuris gali būti gana dažnas, nes daugelis žmonių nežino tinkamos dozės arba mano, kad vitaminų per daug nėra. Pavyzdžiui, per didelis kalcio vartojimas gali sukelti tulžies akmenų, inkstų akmenų ir širdies problemų, kartu su tipišku šalutiniu multivitaminų poveikiu – vidurių užkietėjimu ir pykinimu. Kalio perteklius gali sukelti širdies užsikimšimą, o tai tik keletas mineralų, kurie dažnai sukelia medicininių problemų, kai iš karto vartojama per daug.
Kai kurie žmonės gali pastebėti, kad yra alergiški tam tikriems jų multivitaminuose esantiems mineralams. Tai gali būti neakivaizdu, kol neatsiranda tam tikrų simptomų, tokių kaip pasunkėjęs kvėpavimas ar spaudimas krūtinėje. Nors šie nerimą keliantys šalutiniai multivitaminų poveikiai yra gana rimti, gali atsirasti ir ne tokių akivaizdžių reakcijų. Dilgėlinė, niežulys ir odos bėrimas yra alergijos multivitaminams požymiai, kaip ir burnos, liežuvio ir lūpų patinimas. Deja, vartojant multivitaminus, gali būti sunku pasakyti, kuris mineralas sukelia alergiją, nes daugumoje papildų yra nemažai.