Šalutinis inulino poveikis paprastai apima virškinimo sistemą. Kai kurie žmonės gali jausti skrandžio skausmą ir dujas, jei vartoja per daug inulino. Kitas dažnas šalutinis poveikis yra pykinimas ir viduriavimas. Paprastai šalutinis poveikis atsiranda, jei žmonės nesąmoningai valgo maistą, į kurį pridėta inulino, arba vartoja inulino papildus. Kai kuriems žmonėms inulinas gali sukelti alerginę reakciją.
Inulinas yra angliavandenių rūšis. Natūraliai jo yra daugelyje daržovių ir vaisių, pavyzdžiui, svogūnuose ir bananuose. Angliavandeniai yra laikomi tirpių skaidulų rūšimi, nes virškinimo sistema jų nepasisavina. Vietoj to, jis skatina sveikų bakterijų augimą žarnyne. Kadangi tai nėra pati bakterija, bet turi įtakos bakterijų skaičiui organizme, ji laikoma prebiotiku.
Šalutinis inulino poveikis dažniausiai pasireiškia tik tada, kai žmogus per dieną suvartoja per daug skaidulų. Bandymai ir tyrimai parodė, kad žmonėms pasireiškė šalutinis inulino poveikis virškinimo traktui, kai jie suvartojo daugiau nei 10 gramų jo per dieną. Tipiški šalutiniai poveikiai, apie kuriuos pranešta vartojant inuliną, buvo skrandžio spazmai, skrandžio ūžimas ir viduriavimas. Kai kurie žmonės pranešė apie pilvo pūtimą, dujų kaupimąsi ir vidurių pūtimą.
Daugelis maisto gamintojų deda inulino į tokius maisto produktus kaip dribsniai ar jogurtas, kad padidintų skaidulų kiekį ir nepadarytų kartaus maisto skonio. Inulinas paprastai yra saldaus skonio, todėl jo dedant į maistą ne tik padaugėja skaidulų, bet ir pagerinamas maisto skonis. Vis daugiau gamintojų deda skaidulų į maistą, didėja šalutinio inulino poveikio rizika, nes žmonės to nesuvokdami gali suvartoti daugiau nei numatyta.
Inulinas taip pat tiekiamas kaip papildas arba injekcija ir yra skirtas padėti palengvinti vidurių užkietėjimą arba sumažinti trigliceridų kiekį, nes jis neleidžia organizmui pasisavinti trigliceridų. Kai kurie žmonės mano, kad tai gali padėti sumažinti cholesterolio kiekį arba padėti pacientams numesti svorio. Vartojant kaip nurodyta kaip papildas, šalutinis inulino poveikis paprastai būna mažas arba jo visai nėra.
Kai kurie žmonės gali būti alergiški inulinui. Alerginės reakcijos požymiai skiriasi priklausomai nuo alergijos sunkumo. Įprastos alerginės reakcijos yra kosulys ar kvėpavimo pasunkėjimas valgant maistą, kuriame yra skaidulų, net daržovių, kuriose natūraliai yra inulino. Kadangi skaidulų dedama į vis daugiau maisto produktų, gali padidėti alerginių reakcijų atsiradimas.