Šeimos gydytojo atlyginimui įtakos gali turėti labai įvairūs kultūriniai ir ekonominiai veiksniai. Yra neatitikimas tarp privačios praktikos gydytojų ir po ligoninę ar sveikatos priežiūros organizaciją dirbančių šeimos medicinos atlyginimų. Gydytojo pajamos taip pat priklauso nuo šalies, kurioje jis ar ji praktikuoja, iš dalies atsižvelgiant į tai, ar šalies vyriausybė teikia iš dalies ar visiškai subsidijuojamas sveikatos priežiūros paslaugas. Kitas svarbus šeimos medicinos atlyginimų elementas yra gydytojo geografinė padėtis.
Tyrimai nuosekliai rodo, kad šeimos gydytojų atlyginimai yra mažesni už chirurgų ir specialistų uždirbamas kompensacijas. Skirtumus kartais kompensuoja šeimos gydytojo praktikos trukmė. Kaip ir daugumos karjeros profesionalų atveju, tie asmenys, kurie per daugelį metų įsitvirtino bendruomenėje, yra linkę sukurti didelę klientų bazę. Didesnis pacientų skaičius tiesiogiai lemia didesnes pajamas, o puikią reputaciją turintis šeimos gydytojas veteranas savo pajamomis gali pranokti specialistą.
Šeimos gydytojai dažnai sudaro didžiausią procentą kaimo vietovės medicinos personalo. Šeimos gydytojų skaičius dideliame mieste gali siekti šimtus ar net tūkstančius, o mažame miestelyje skaičius gali būti suskaičiuotas ant vienos rankos pirštų. Įsigalioja pasiūlos ir paklausos dėsniai, o konkurencija kartais lemia, kad šeimos gydytojų atlyginimai mieste yra mažesni nei kaime. Tai ypač aktualu, kai į pajamų lygtį įtraukiami pragyvenimo išlaidų koregavimai.
Kai kuriose šalyse didelė dalis pacientų, pas kuriuos patenka miesto gydytojai, yra apdrausti privačiu sveikatos draudimu. Kaimo gydytojai gali dažniau matyti pacientus, kurių sveikatos priežiūros poreikiai yra finansuojami pagal vyriausybės programas. Privatus draudimas dažniausiai lenkia valstybės finansuojamas programas pagal taikomas medicinines procedūras ir gydytojui mokamų mokesčių dydį. Šeimos gydytojų atlyginimai dažnai yra mažesni tose šalyse, kuriose sveikatos priežiūrą visiškai apmoka vyriausybė arba kur vyrauja vyriausybinės sveikatos priežiūros programos.
Šeimos gydytojai, kurie dirba ligoninėje arba yra samdomi medicinos grupių, kuriose dirba daugybė specialistų, paprastai gauna didesnį atlyginimą nei dirbantys mažose arba individualiose praktikose. Taip yra iš dalies dėl to, kad ligoninė ar grupė dažniausiai gauna mokėjimus iš įvairių šaltinių ir įdarbina darbuotojus, kurie specializuojasi bendraujant su draudimo bendrovėmis ir vyriausybinėmis sveikatos agentūromis. Tokios didelės operacijos dažnai yra ekonomiškesnės nei nedidelės praktikos, todėl gydytojams dirbantiems gydytojams galima gauti didesnį atlyginimą.