Pramoninis mikrobiologas, kartais vadinamas biotechnologu, naudoja mikroskopinius organizmus gamindamas ir gamindamas prekinius produktus, skirtus komerciniam naudojimui. Ši padėtis naudojama kuriant daugelį įprastų namų apyvokos daiktų, tokių kaip valymo priemonės, antibiotikai ir maisto produktai. Darbo reikalavimai skiriasi priklausomai nuo įdarbinimo pramonės ir gali reikalauti, kad darbuotojai atliktų tyrimus ir sukurtų naujus produktus, naudojant mikrobų inžineriją. Mikrobiologai dirba visose maisto pramonės srityse, vaistų įmonėse ir atliekų apdorojimo sistemose.
Šio tipo gamyboje dažniausiai naudojami organizmai yra grybai, virusai, pirmuonys, bakterijos ir dumbliai. Šie mikrobai gali būti naudojami skaidant didesnes organines medžiagas ir sintetinant naujus junginius, nes jie gali pradėti naujas chemines reakcijas medžiagose, su kuriomis jie sąveikauja. Pramoninis mikrobiologas yra apmokytas valdyti šias reakcijas įvairiais tikslais kontroliuojamoje aplinkoje. Jis taip pat gali rūpintis produktų apsauga nuo šių organizmų invazijos. Pavyzdžiui, antibakteriniai produktai ir konservantai yra skirti užkirsti kelią bakterijų dauginimuisi ant paviršių ir kai kuriuose maisto produktuose.
Pramonės šakos, kuriose dirba pramoninis mikrobiologas, yra atliekų tvarkymas, alaus daryklos, kepyklos ir farmacijos pramonė. Dumbliai ir bakterijos natūraliai minta organiniais ekskrementais ir dažnai patenka į atliekų apdorojimo įrenginius, kad išvalytų vandenį ir suskaidytų didesnį atliekų kiekį. Mielės yra mikroskopinė gyvybės forma, atsakinga už fermentacijos procesą, kuris sukuria alaus alkoholio kiekį ir didžiąją dalį jo skonio. Šis buitinis organizmas taip pat yra priežastis, dėl kurios duona, bandelės ir tešla pakyla, kai leidžiama sėdėti ir šilti. Įvairių tipų antibiotikai sukuriami fermentacijos procese mikroorganizmams, žinomiems kaip aktinomicetai.
Šie biotechnologai yra labai svarbūs gaminant daugumą vakcinų. Vakcina paprastai sukuriama išskiriant tam tikras viruso DNR dalis ir suleidžiant jas sveikam asmeniui. Kūno imuninė sistema analizuoja svetimą DNR ir pradeda gaminti antikūnus, kurie ją sunaikins. Kai paskiepytas pacientas galiausiai susiduria su visa viruso forma per galimą sąlytį su užsikrėtusiu asmeniu, jo kūnas jau yra pasirengęs kovoti su liga. Pavyzdžiui, gripo viruso atmaina sezoniškai keičiasi, todėl turi būti reguliariai kuriama nauja vakcina, skirta kovoti su kiekviena nauja paderme, nes ji užkrečia visus gyventojus.
Pramoninis mikrobiologas gali būti atsakingas už tyrimus, produktų testavimą, kokybės kontrolę, produktų kūrimą ir genų inžineriją. Šiam karjeros keliui reikia baigti vidurinį laipsnį su klasėmis, kuriose pagrindinis dėmesys skiriamas biologijai, mikrobiologijai ir biochemijai. Kai kurios darbo vietos taip pat reikalauja, kad kandidatai taip pat turėtų mikrobiologijos magistro laipsnį, nors tai nėra pramonės standartas.