Jūrų biologo atlyginimas gali priklausyti nuo specialybės, vietos ir darbdavio, taip pat nuo patirties ir kvalifikacijos. Pradinio lygio pareigybės žemos kvalifikacijos žmonėms paprastai moka mažiau, o darbo užmokesčio skalė didėja, kai žmonės įgyja patirties ir įgyja papildomus laipsnius ar pažymėjimus. Karjerai šioje srityje gali prireikti aukštesniųjų laipsnių su septynerių ar daugiau metų išsilavinimu, o tai yra didelė investicija, prieš pradedant dirbti. Kai kuriais atvejais mokykloje galima išlaikyti pradinio lygio pareigas, nors baigimas gali užtrukti ilgiau.
Vienas svarbus veiksnys yra tai, į ką skiria jūrų biologas. Jei tema yra neaiški, ypač grynųjų tyrimų srityje, pinigų gali būti nedaug, o jūrų biologo atlyginimas gali būti palyginti mažas. Priešingai, dominančios temos, ypač tai, kas daro įtaką jūrų organizmų pramonei, gali būti gerai apmokama. Pavyzdžiui, žmogus, kuris daugiausia dėmesio skiria žuvininkystei, gali uždirbti daugiau nei žmogus, tyrinėjantis neaiškią žuvį, neturinčią komercinės vertės.
Vieta taip pat turi įtakos jūrų biologo atlyginimui. Darbo užmokesčio skalės gali skirtis priklausomai nuo šalies ir tai, kas vienoje vietoje gali būti laikoma geru arba priimtinu, kitoje nėra. Pragyvenimo išlaidų, gyventojams prieinamų socialinių paslaugų skirtumai ir kiti veiksniai gali turėti įtakos tam, kiek darbdavys nori pasiūlyti. Žmonės, dirbantys tarptautiniu mastu, gali norėti apsvarstyti šį klausimą; darbas užsienyje gali suteikti įdomių galimybių, bet gali nemokėti taip gerai, kaip norima.
Darbdavio pasirinkimas yra dar vienas svarbus veiksnys jūrų biologo atlyginimui. Privačios institucijos, ypač tos, kurios dirba pramonėje, paprastai moka daugiau. Vyriausybinės agentūros gali pasiūlyti mažesnį atlyginimą ir kartais pareikalauti, kad jūrų biologai parašytų dotacijas savo darbui paremti, o tai gali sunaudoti vertingą tyrimų laiką. Akademinėse institucijose jūrų biologo atlyginimas gali skirtis priklausomai nuo patirties ir reputacijos. Žmonės, norintys siekti karjeros akademinėje bendruomenėje, turėtų gauti publikacijų kreditus, kad padidintų savo pozicijas derybose dėl atlyginimų.
Įgaliojimai, patirtis ir reputacija taip pat yra labai svarbūs. Asmuo, turintis aukštąjį laipsnį, narys prestižinėse organizacijose ir oficialiai pripažintas už nuopelnus, gali turėti teisę į didesnį atlyginimą, taip pat asmuo, turintis daugiau patirties jūrų biologijos bendruomenėje. Žmonės, kurie laikomi gerbiamais ir patikimais tyrėjais, taip pat paprastai yra geriau apmokami. Kiti jūrų biologai gauna didelius atlyginimus, nes išpopuliarino šią sritį per knygas, filmus ir kitas žiniasklaidos priemones, todėl turi namų pripažinimą, todėl institucijos nori juos įdarbinti ir nori mokėti už privilegiją.