Bažnyčios sekretorius paprastai tvarko visus bažnyčios administracinius reikalus – nuo atsiliepimo į telefonus iki biuletenių kūrimo, kopijų darymo ir korespondencijos tvarkymo. Tačiau darbas dažnai yra daug daugiau nei vien žongliravimas su dokumentais ir skambinimas telefonais. Dauguma sekretorių taip pat turi veikti kaip visos organizacijos veidas. Pagrindinės žinios apie bažnyčią, jos struktūrą ir įsitikinimus dažnai yra būtinos, nes sekretorius gali būti pakviestas atsakyti į plačius įvairių žmonių klausimus.
Bažnyčios sekretoriaus veiklos specifika būtinai priklauso nuo nagrinėjamos organizacijos specifikos. Tačiau didžiąją laiko dalį administracinės pareigos sudaro didžiąją darbo dalį. Sekretorius paprastai vadovauja bažnyčios biurui. Tai apima pagrindinio kalendoriaus tvarkymą, susitikimų planavimą ir žinojimą, kaip pasiekti visus darbuotojus. Jis arba ji turi gerai išmanyti bažnyčios programavimą ir žinoti, kaip nukreipti konkrečius visuomenės klausimus.
Tam tikru mastu bažnyčios sekretorius turi būti bendras bažnyčios šaltinis tiek kongregantams, tiek išoriniam pasauliui. Viduje jis yra atsakingas už bažnyčios narių sujungimą su pastoriais, registracijų į pamokas ir renginius tvarkymą bei pranešimų skelbimą ir platinimą. Tai dažnai apima el. pašto duomenų bazių, taip pat spausdintų skrajučių ir biuletenių tvarkymą.
Sekretoriai taip pat turi atstovauti bažnyčiai ir jos programoms išoriniam pasauliui. Naujokai, turintys klausimų apie pamaldas ar renginius, dažniausiai kaip pirmą atskaitos tašką skambinant pasiekia bažnyčios sekretorių. Sekretorius turi mokėti mandagiai ir sąžiningai atsakyti į klausimus apie bažnyčią ir jos politiką. Pastoracinių konsultacijų planavimas, faktų apie vestuvių ir laidotuvių planavimą pateikimas ir atsakymai į klausimus apie pagrindinius bažnyčios įsitikinimus patenka į bažnyčios sekretoriaus pareigų aprašymą.
Kai kuriose bažnyčiose, ypač tose, kurios yra labai didelės, bažnyčios sekretorius gali būti paskirtas pas atskirą pastorių ar kunigą. Toks bažnyčios sekretorius daugeliu atžvilgių panašus į asmeninį asistentą. Jis tvarkys asmeninį klebono tvarkaraštį, priims ir išsiųs korespondenciją klebono vardu. Sekretorius bendraus su kitais bažnyčios personalo nariais ir retkarčiais imsis bendresnių užduočių, pavyzdžiui, padės rengti savaitinius informacinius biuletenius, tačiau didžiąją kiekvienos dienos dalį praleidžia tarnaudamas tik vienam asmeniui. Tokios struktūros bažnyčiose paprastai dirba keli sekretoriai: dažnai po vieną kiekvienam vyresniosios vadovybės nariui ir vieną ar daugiau, kurie sėdi registratūroje ir tvarko bendresnius klausimus.
Visi sekretoriai paprastai turi dirbti kartu, kad išlaikytų nuoseklumą tiek informavimo, tiek užduočių valdymo srityse. Tai taip pat taikoma didelėms bažnyčioms, kuriose dirba keli sekretoriai, ir mažoms bažnyčioms, kuriose įvairūs ne visą darbo dieną dirbantys administracijos padėjėjai dirba kartu, kad padengtų darbą. Bažnyčios biuras yra neatskiriama daugumos bažnytinių organizacijų dalis, o pagrindinis sekretorių vaidmuo yra užtikrinti, kad ši tarnyba būtų veiksminga, efektyvi ir naudinga.