Sąvokos „seminarija“ ir „biblijos kolegija“ dažnai vartojamos pakaitomis, tačiau, nors terminai yra susiję, jie paprastai nėra sinonimai. Biblijos kolegija ir seminarija yra aukštojo mokslo institucijos, ir abi jos sutelkia dėmesį į kai kuriuos Rašto studijų aspektus; abu taip pat gali suteikti teologijos arba religijos mokymo elementų laipsnius. Skirtumas yra svarbiausias institucijų tikslas. Dažniausiai Biblijos kolegijos yra bakalauro studijų institucijos, kurios daugiausia dėmesio skiria Šventajam Raštui ir siūlo laipsnius religinėmis temomis, tačiau paprastai taip pat siūlomi pagrindiniai meno ir mokslo laipsniai. Kita vertus, seminarijos paprastai yra aukštąsias mokyklas baigusios institucijos, kurių tikslas – paruošti studentus tapti religiniais lyderiais.
Studentai dažniausiai pasirenka lankyti Biblijos koledžą ir seminariją dėl įvairių priežasčių. Biblijos kolegijos paprastai apskaitomos kaip įprastos kolegijos, tik su bibliniu požiūriu. Studentai iš krikščionių šeimų, norintys kolegijos miestelio bendruomenės, kuri puoselėtų jų įsitikinimus, dažnai renkasi lankyti Biblijos koledžus. Seminarija skirta studentams, norintiems siekti tarnybos karjeros.
Dauguma Biblijos kolegijų reikalauja tam tikro skaičiaus įskaitinių valandų Biblijos studijose ar kitose religijos pamokose, tačiau dažnai siūlomos studijų programos, panašios į pasaulietines mokyklas. Studentai, baigę Biblijos koledžus, turės tvirtus biblinės teologijos pagrindus, tačiau gali siekti įvairių karjeros kelių. Biblijos kolegijos paprastai nerengia studentų kokiam nors konkrečiam pašaukimui, o siekia suteikti platų, bet į Bibliją orientuotą koleginį išsilavinimą. Biblijos koledžo laipsnis gali būti įvairių disciplinų. Šiuo požiūriu Biblijos koledžas ir seminarija pirmiausia skiriasi.
Pagrindinis seminarijos tikslas – ugdyti būsimus bažnyčios vadovus. Dauguma seminarijų yra absolventų lygio institucijos, tai reiškia, kad jos siūlo tik magistro ir daktaro laipsnius. Paprastai prieš einant į seminariją reikalingas bakalauro laipsnis. Kai kuriose seminarijose reikalaujama, kad kandidatai turėtų ankstesnius religijos ar teologijos laipsnius, kaip galima įgyti Biblijos koledže, bet ne visos.
Seminarijos studentai savo seminarijoje lanko kursus, kurie yra pritaikyti paruošti juos konkrečiam darbui bažnyčioje. Diakonai, kunigai ir ganytojai paprastai turi būti baigę seminariją, kad galėtų būti paskirti vadovauti bažnyčiose. Daugelis tarnautojų pasauliečių taip pat turi seminarijos laipsnį.
Kitas skirtumas tarp Biblijos kolegijos ir seminarijos dažnai yra denominacija. Yra įvairių Biblijos kolegijų tipų. Nors kai kurios yra glaudžiai susijusios su konkrečia bažnyčia, daugelis kitų yra tarpkonfesinės, daugiausia dėmesio skiriant bendrai Biblijos istorijai, išskyrus konkrečią bažnyčios tradiciją. Seminarijos beveik visada yra vienos konfesijos. Biblijos kolegijos ar seminarijos pasirinkimas daug kartų priklauso nuo studento bažnytinės priklausomybės.
Kiekviena krikščionių konfesija kelia skirtingus reikalavimus savo vadovams. Kai kuriose bažnyčiose, pavyzdžiui, Romos katalikų bažnyčioje, kunigystė yra skirta vyrams. Atitinkamai, katalikų seminarijos yra atviros tik vyrams, o siūlomos pamokos, kursai ir laipsniai yra ypač katalikiško pobūdžio. Seminarijos vadovaujasi savo steigėjų konfesijos mokymu ir dažniausiai ruošia studentus tarnybai konkrečioje bažnyčioje.
Kartais mokykla siūlo ir Biblijos koledžą, ir seminariją. Jie abu dažnai dalijasi dėstytojais, tačiau studentai paprastai apsiriboja viena programa. Biblijos koledžo laipsnis gali lemti priėmimą į seminariją, o tų pačių mokyklų priėmimas viename miestelyje palengvina perėjimą. Tačiau paprastai nėra jokio tiesioginio ryšio tarp lankymo Biblijos koledže ir seminarijoje.