Pagrindiniai skirtumai tarp visuotinai priimtų apskaitos principų (GAAP) ir mokesčių apskaitos yra taisyklės, kurių vadovaujasi kiekvienas metodas. Šios taisyklės taikomos naudojant grynųjų pinigų arba kaupimo apskaitą ir yra parengtos atsižvelgiant į jas nustatančių grupių pobūdį ir motyvaciją. GAAP gaires nustato reguliavimo grupė, žinoma kaip Finansinės apskaitos standartų valdyba (FASB), o mokesčių apskaitos gaires nustato vyriausybė. Dėl skirtingų būdų, kaip šie metodai kaupia informaciją, jie taip pat rodo skirtingus, nors dažnai sutampančius, verslo požiūrius.
Reikšmingas skirtumas tarp GAAP ir mokesčių apskaitos yra motyvacija sukurti kiekvieno metodo gaires. GAAP metodas buvo sukurtas ir išplėstas siekiant užtikrinti, kad finansinės ataskaitos būtų teisingos ir tikslios. Kadangi mokesčių apskaita yra vyriausybės vadovaujama sistema, ji dažniausiai yra susieta su politiniais motyvais.
Skirtingas verslo perspektyvas pateikia GAAP ir mokesčių apskaitos metodai. GAAP metodas suteikia daugiau informacijos apie įmonę ir suteikia geresnį bendrą jos statuso vaizdą. Nors mokesčių apskaita gali daug atskleisti apie verslą, ji nėra tokia išsami, nes paprastai parodo tik tai, ką reikia pranešti vyriausybei.
GAAP ir mokesčių apskaitos metodai yra pakankamai skirtingi, kad organizacijos mokesčius apmokestinti gali prireikti dviejų apskaitos specialistų, kurių kiekvienas specializuojasi taikant vieną iš metodų. Taip yra iš dalies todėl, kad buhalteris turi suprasti dabartinius kiekvieno metodo reikalavimus. Žinoti šias detales ypač svarbu atliekant mokesčių apskaitą, kuri apima ataskaitų, kurios turi būti pateiktos tam tikru formatu ir konkrečiais terminais, parengimą. Iš esmės GAAP metodas yra bendras, kasdienis apskaitos metodas, o mokesčių apskaita yra priemonė, kuria pajamas galima pranešti vyriausybei.
Daugelis įmonių naudoja ir GAAP, ir mokesčių apskaitos metodus. Jie bus linkę sutelkti dėmesį į GAAP, galvodami apie įmonės pelningumo didinimą. Kadangi mokesčių metodas yra privalomas, įmonė labiau tikėtina, kad svarstys, kaip veiksmas paveiks ataskaitų teikimą, o ne įtrauks jį į bet kokią augimo strategiją.
Dauguma įmonių, kurios nenaudoja abiejų šių metodų, naudos kitą bendrą metodą, nes mokesčių atskaitomybė yra teisinis reikalavimas. Kitas paplitęs apskaitos metodas yra tarptautiniai finansinės atskaitomybės standartai (TFAS). Jį pirmiausia naudoja didesnės įmonės, turinčios tarptautinę veiklą, tiek turinčios kelis pasaulinius filialus, tiek pasaulinius verslo partnerius. Tai tikslesnė sistema nei GAAP metodas, nes ji skirta suprasti įvairiai auditorijai, todėl turi būti racionalesnė.