Jurisdikcijose, kuriose renkami pardavimo mokesčiai, mokesčių institucijos paprastai turi teisę atlikti įmonių auditą, kad įsitikintų, jog visi mokėtini pardavimo mokesčiai buvo tinkamai sumokėti. Pardavimo mokesčių auditas yra procesas, kurio metu mokesčių pareigūnas tiria įmonės apskaitą, kad nustatytų, ar yra nesumokėtų mokesčių. Kartais auditai atliekami įtarus piktnaudžiavimą, tačiau dažniausiai jie atliekami atsitiktinai. Įmonė, kuriai taikomas auditas, paprastai pagal įstatymus privalo perduoti visus įrašus ir apskaitos knygas tikrintojui, o jei randama klaidų, ji paprastai turi sumokėti su bauda.
Pardavimo mokestis yra svarbus pajamų šaltinis valstybėms ir šalims, kurios jį renka. Mažesnės šalys, ypač Europos, nustato pardavimo mokestį nacionaliniu lygiu. Jungtinėse Valstijose pardavimo mokestis yra valstybės mokesčių problema. Ne visos valstybės įvertina pardavimo mokestį, o tos, kurios turi skirtingus tarifus ir skirtingas taisykles. Visose vietose audito procesas yra vienas iš labiausiai paplitusių būdų vyriausybinėms mokesčių agentūroms nustatyti, ar laikomasi vietinių mokesčių atleidimo taisyklių.
Taisyklės dėl to, kokius mokesčių įrašus įmonės turi saugoti, skiriasi priklausomai nuo jurisdikcijos, taip pat skiriasi to, kas vyksta atliekant pardavimo mokesčių auditą. Apskritai mokesčių agentūra įmones, kurias tikrins, atrinks atsitiktinai. Tada ji susisieks su tomis įmonėmis ir patars tam tikrą dieną būti pasiruošusiam pateikti savo įrašus.
Pardavimo mokesčių audito procedūros yra susijusios su įrašų patikrinimu. Daugumoje vietų įmonės turi pateikti savo mokesčių įrašus vyriausybei ir šiuose įrašuose atskleisti, kiek pardavimo mokesčių generuojančių pardavimų buvo atlikta. Kartais įmonės gali naudoti mokesčių deklaracijos dokumentus, kad reikalautų tam tikrų išimčių ir atskaitymų nuo mokėtinų mokesčių. Auditas prasideda nuo byloje esančių mokesčių įrašų. Mokesčių agentas visų pirma ieško įrodymų, kad šie savarankiškai pateikti įrašai atspindi tikslią finansinę informaciją.
Pagal įstatymą daugumoje jurisdikcijų įmonės privalo registruoti visus savo sandorius, pažymėdamas, kada buvo surinkti pardavimo mokesčiai ir kiek tų pardavimo mokesčių pajamų buvo pervesta vyriausybei. Dažnai iš jų reikalaujama, kad šie įrašai būtų aktualūs kelerius metus. Pardavimo mokesčių audito metu auditorius patikrins įrašus, kuriuos įmonė saugojo kartu su mokesčių deklaracijos dokumentais, kuriuos įmonė pati pateikė. Jei auditorius nustato neatitikimų arba nustato, kad mokesčiai buvo surinkti netinkamai ar netiksliai, jis gali nubausti bendrovę už mokėtinus mokesčius ir baudą.
Tačiau auditorius taip pat gali pastebėti, kad įmonė per daugelį metų sumokėjo per daug pardavimo mokesčių. Tokiu atveju įmonė gali pateikti prašymą dėl vyriausybės grąžinimo, kad susigrąžintų perviršį. Kai kurios įmonės reguliariai tikrins savo knygas, kad patikrintų, ar nėra permokėtos. Tai žinoma kaip grąžinimo auditas arba atvirkštinio pardavimo mokesčio auditas.
Paprastai nereikalaujama, kad audituojamos įmonės turėtų teisininko ar išorės buhalterinės pagalbos, nors daugelis įmonių, ypač mažos įmonės, vis tiek renkasi. Išorės audito konsultanto samdymas, kad jis atliktų auditą ir susidorotų su auditoriumi, gali būti būdas verslo savininkams tęsti savo verslą be streso, kurį sukelia auditas, atimant jų laiką ir energiją. Daugelis audito konsultantų turi tam tikrų tipų audito valdymo ir teisingų rezultatų siekimo patirties. Pardavimo mokesčių audito perdavimas iš išorės gali būti brangus, tačiau, atsižvelgiant į aplinkybes, gali būti verta investuoti.