Šlapžemių išsaugojimas pačiu elementariausiu lygmeniu yra šlapžemių buveinių išsaugojimas vietinei laukinei gamtai ir augmenijai. Ji apima daugybę aplinkos ir laukinės gamtos apsaugos priemonių, skirtų apsaugoti subtilias įvairių šlapžemių vietovių ekosistemas. Tokios sritys paprastai suprantamos kaip pelkės, pelkės ir kitos vietos, kuriose dirvožemis yra pakankamai prisotintas vandens, kad palaikytų prie tokios aplinkos pripratusią augalų ir gyvūnų gyvybę. Šlapžemių apsauga, be natūralių šlapžemių buveinių išsaugojimo, turi didelių pasekmių, ypač aplinkinėms vietovėms ir pramonės šakoms.
Daugybė vietinių, regioninių ir tarptautinių aplinkosaugos grupių ir vyriausybinių agentūrų dalyvauja šlapžemių išsaugojimo pastangose. Programos ir iniciatyvos apima klimato pokyčių stebėjimą; pramonės poveikio pakrančių rifams, vidaus salpoms ir kitoms pelkėms tyrinėjimas; vietinių laukinių gyvūnų gydymas nuo ligų; ir vandens saugojimo ar statybų šalia šlapžemių teritorijų apribojimų. Priklausomai nuo konkrečių vietų, kai kurios vyriausybinės agentūros ir ne pelno grupės bendradarbiauja su vietos valdžios institucijomis, siekdamos stebėti užtvankų ir kitų infrastruktūros projektų poveikį aplinkinėms pelkėms.
Šlapžemių išsaugojimo tikslas yra užtikrinti, kad laukinė gamta ir augmenija, kuri yra vietinė konkrečioje vietovėje, turėtų išteklių ekosistemai palaikyti. Taip pat siekiama užtikrinti, kad bet kokie tos ekosistemos pokyčiai nepadarytų neigiamo poveikio aplinkinėms žemėms ir ekosistemoms. Pavyzdžiui, hidroelektrinės užtvankos statyba gali blokuoti paviršinio vandens nutekėjimą į aplinkines pelkes. Be reikalingo paviršinio vandens šios pelkės gali išdžiūti, sunaikindamos augmeniją ir išstumdamos laukinę gamtą. Šlapžemių praradimas neigiamai veikia vietovės žvejybą, žemės ūkį ir kitas pramonės šakas, jau nekalbant apie poveikį aplinkinėms vietovėms.
Konkrečios šlapžemių apsaugos pastangos skiriasi priklausomai nuo vietos geografijos; palaikomi dirvožemio, augmenijos ir laukinės gamtos tipai; ir turimą paramą bei išteklius. Tam tikrose vietovėse susiduriama su skirtingomis problemomis, tokiomis kaip anglies dioksido išmetimas ar klimato pokyčiai, dėl kurių būtinos kitokios šlapžemės išsaugojimo pastangos nei kitose vietovėse, kurioms kyla kitų problemų, pavyzdžiui, užstatymas ar pramoninės atliekos. Dar daugiau pastangų gali prireikti dėl pelkių teritorijų, kuriose yra migruojančių paukščių ligų arba kai kurių augalų ar kenkėjų perteklius.
Žmonijos įsikišimas sprendžiant konkrečios vietovės problemas yra bet kurios pelkių išsaugojimo iniciatyvos pagrindas. Gyvūnų apsauga ir nykstančių gyvūnų apsauga, buveinių išsaugojimas ir šlapžemių išteklių apsauga yra svarbūs šlapžemių apsaugos veiksniai. Kurioms sritims reikia skirti daugiausia dėmesio, priklauso nuo kiekvienos srities konkrečių problemų ir poreikių, tačiau visos pastangos yra suplanuotos atsižvelgiant į visą pelkių ekosistemą. Teritorijos, kurių ištekliai priklauso nuo šlapžemių, paprastai patiria didžiausią dėmesį, o sritys, kurios mažai priklausomos nuo pelkių ekosistemų, linkusios atidėti išsaugojimo pastangas, kol grėsmės pajunta kitur.