Fondo apskaita yra apskaitos strategijos rūšis, kuri daugiau dėmesio skiria atskaitomybei, o ne pelno generavimui. Šį konkretų požiūrį į apskaitą dažnai naudoja subjektai, kurie nėra orientuoti į pelningumą, pvz., ne pelno organizacijos arba vyriausybės departamentai ir komisijos. Viena iš pagrindinių šio metodo ypatybių yra kelių didžiųjų knygų, kuriose dokumentuojamas bet kokių į subjektą gaunamų lėšų srautas ir panaudojimas, naudojimas, tačiau neskiriant dėmesio pelno stebėjimui.
Bendra fondų apskaitos funkcija yra susijusi su parodymu, kur išleidžiami pinigai. Šis pabrėžimas yra viena iš priežasčių, kodėl reikia tvarkyti kelias didžiąsias knygas, o ne savaime balansuojančias sąskaitas, atspindinčias vienoje didžiojoje knygoje, kaip įprasta įmonėms, kurios siekia pelno. Kiekvienoje knygoje stebimas išteklių gavimas ir išmokėjimas, susijęs su veikla, susijusia su konkrečiu projektu ar fondu, kurį valdo ne pelno organizacija. Apskaitos tikslais kiekviena atskira knyga arba fondas turi būti suderintas su išsamiomis ataskaitomis, patvirtinančiomis esamą fondo likutį. Visos ataskaitos, susijusios su skirtingais fondais, naudojamos kaip pagalbinė informacija kuriant bendrą ataskaitą, kuri pateikiama organizacijos nariams ir jos direktoriams.
Taikant fondų apskaitą, visos aukos arba lėšos, gautos iš dotacijų ar dotacijų, yra tiesiogiai registruojamos į mokėtojo nurodytą knygą arba fondą. Ten iš likučio atimamos visos su konkrečiu projektu susijusios išlaidos. Dėl šios tvarkos ne pelno organizacija gali labai lengvai pranešti apie veiklą savo sudedamosioms dalims, taip pat bet kuriai vyriausybinei institucijai, kuriai pavesta prižiūrėti ne pelno organizacijos veiklą.
Fondo apskaitos metodas gali būti labai efektyvus, kai ataskaitos turi būti siunčiamos daugiau nei vienai vyriausybinei agentūrai. Pavyzdžiui, jei vietoje veikianti labdaros organizacija gauna dotaciją, skirtą uždarų namų maitinimui, dosnią auką benamių prieglaudai paremti ir dotaciją popamokinei programai vykdyti, tikėtina, kad kiekvienas iš šių projektų žlugs. į kitos vyriausybinės agentūros jurisdikciją. Sukūrus ir tvarkant kiekvieno projekto buhalteriją, kiekvienai stebėsenos agentūrai visada galima pateikti apskaitą, kas buvo nuveikta už gautus pinigus kiekvienai programai remti. Naudodama fondų apskaitą, vietinė labdaros organizacija ir toliau laikosi jai leidžiančių vykdyti reglamentų ir gali įrodyti, kad gautos lėšos naudojamos nurodytu būdu.