Finansinės apskaitos sistemos gali būti rankinės sistemos, tačiau dažniausiai tai yra programinės įrangos programos. Paprastai finansinės apskaitos sistema yra didesnės programinės įrangos sistemos dalis, skirta teikti visas organizacijos administracines paslaugas, tačiau tai gali būti ir atskiros programos. Apskaitos sistemos gali būti klasifikuojamos pagal jas naudojančios organizacijos tipą, finansų organizavimo metodą ir tai, kaip apskaitos sistema pripažįsta operacijas, įskaitant grynųjų pinigų įsigijimą ir mokėjimus. Įprasti finansinės apskaitos sistemos metodų tipai apima procesų, sąskaitų ir operacijų analizės sistemas. Šios sistemos taip pat gali būti pritaikytos organizacijos tipui, nesvarbu, ar organizacija yra vyriausybės departamentas, mokykla ar mažmeninės prekybos įmonė.
Šios sistemos atlieka daugybę procesų, tačiau apima grynųjų pinigų valdymo, darbo užmokesčio ir mokesčių procedūras. Jie taip pat gali tvarkyti darbuotojų išlaidas, įskaitant kompensacijas už darbo išlaidas, pvz., maitinimą ir keliones. Priklausomai nuo organizacijos, finansinės apskaitos sistemoje gali būti papildomų funkcijų, skirtų kitiems kasdienio verslo aspektams tvarkyti.
Funkcijos įvairiose sistemose skiriasi, o tai reiškia, kad nė viena sistema nėra geriausia visų tipų organizacijoms. Svarbu suderinti apskaitos sistemos galimybes su jos vartotojo poreikiais. Pavyzdžiui, švietimo įstaigų finansinės apskaitos sistemos ne tik tvarko finansinius įnašus, bet ir valdo veiklos finansus. Mokyklos ar universiteto finansai apimtų švietimo ir bendrąsias išlaidas, o mažmeninės prekybos apskaitos sistemoje gali tekti tvarkyti žaliavų ir mažmeninės prekybos kategorijas.
Tinkamo tipo apskaitos sistemos nustatymas yra ypač svarbus, kai reikia finansuoti didelę organizaciją, pvz., universitetų ar valstybinių mokyklų sistemą. Tvarkant švietimo organizacijos finansavimo tipus, kategorijos gali apimti paskolas, dotacijas ir vyriausybinių organizacijų finansavimą. Šie finansavimo šaltiniai dažnai turi būti registruojami ir apdorojami atskirai, nes kai kurių fondų paskirtis arba finansavimo sąlygos yra ribotos, dėl kurių apskaitininkas turi registruoti savo operacijas.
Finansinės apskaitos sistemos dažnai skiriasi, kai jos naudojamos skirtingiems tikslams. Sistemos, skirtos įmonės finansams analizuoti ne įmonės naudotojo investicijų tikslais, sąsaja ir funkcijomis skirtųsi nuo valdymo apskaitos sistemų, kurios atlieka finansinių duomenų įvedimo ir finansinės informacijos naudojimo įmonėje užduotis. Taip yra daugiausia todėl, kad investuotojas, žiūrintis į įmonės finansinę informaciją, reikalauja kitokio informacijos ir funkcijų rinkinio, nei įmonės vadovas reikalauja iš vidinių finansų valdymo sistemų.
Programinės įrangos programos, turinčios finansinės apskaitos sistemas, paprastai turi tokias funkcijas kaip žmogiškieji ištekliai, planavimas ir procesų valdymo funkcijos. Daugiafunkcinės valdymo programinės įrangos sistemos sukurtos taip, kad organizacija galėtų integruoti ir dalytis informacija keliuose įmonės padaliniuose. Naudojant tokio tipo sistemas, tokia organizacija kaip mokykla gali turėti administracijos tiesiogiai įvesti informaciją, kuri yra prieinama visoms įgaliotosioms sistemos šalims, pagreitinant operacijas ir galbūt padidinant informacijos tikslumą sistemoje.