Valdymo apskaitos sistemos orientuojasi į kaštų, susijusių su prekių ir paslaugų gamyba įmonėje, sekimą. Kai kurios dažniausiai naudojamos sistemos apima tradicinę sąnaudų apskaitą, taupią apskaitą, pralaidumo apskaitą ir perdavimo kainodarą. Kiekviena iš šių valdymo apskaitos sistemų suteikia įmonėms skirtingą sąnaudų sekimo metodą, kad būtų galima pagaminti prekes ir paslaugas mažiausiomis sąnaudomis. Jei nesilaikysite jokios sistemos, prekės gali būti per didelės, o bendrasis pelnas gali būti mažesnis.
Tradicinės valdymo apskaitos sistemos kaštus seka naudodamos užsakymo arba proceso sąnaudų skaičiavimo metodus. Kiekvienas iš šių ir kitų metodų nustato, kaip įmonė paskirsto išlaidas, susijusias su tiesioginėmis medžiagomis, tiesioginiu darbu ir gamybos pridėtinėmis išlaidomis. Darbo užsakymo savikainos apskaičiavimas naudojamas dideliems projektams, kai visos išlaidos yra lengvai atsekamos iki atskirų projektų. Proceso sąnaudos paskirsto išlaidas pagal procesų, naudojamų vienarūšėms prekėms gaminti, skaičių. Šios prekės veikia nepertraukiamai ir jas sunku atskirti.
Lean apskaita yra labiau revoliucinis metodas valdymo apskaitos sistemų požiūriu. Užuot sutelkęs dėmesį tik į sąnaudas, taupi apskaita yra metodas, kuris pateikia strategiją, kaip sumažinti išlaidas pašalinant atliekas. Šios sistemos buhalteriai beveik iš karto pateiks finansinę informaciją sprendimams priimti, vertės srautams įvertinti ir pelningumui matuoti. Remiantis šia informacija, visos perteklinės išlaidos gali būti švaistytos ir pašalintos iš sistemos.
Tradicinėse valdymo apskaitos sistemose našumo apskaita paprastai nėra vertinama kaip sąnaudų apskaičiavimo procesas. Buhalteriai sutelkia dėmesį į įmonės gamybos sistemos apribojimų nustatymą. Apribojimai apima nepakankamą medžiagų, darbo jėgos ar gamybos pajėgumų kiekį iš įmonės įrenginių. Sumažinus šiuos suvaržymus, galima padidinti gamybos apimtį ir taip sumažinti kiekvieno atskiro pagaminto vieneto sąnaudas. Daugeliu atvejų šis metodas gali veikti su tradicinėmis darbų užsakymo arba proceso sąnaudų apskaičiavimo sistemomis.
Sandorių kainodara yra dar viena įprasta valdymo apskaitos sistema. Pagal šį metodą įmonės kainuos prekes, kai jos judės per skirtingus skyrius. Kiekviena prekė perkeliama į skirtingus padalinius ar procesą, kiekvienas iš jų prideda nedidelę produkto išlaidų dalį.
Prie perdavimo kainos pridedamos bendros išlaidos apima kintamąsias ir alternatyviąsias išlaidas. Alternatyvūs kaštai atspindi pinigų sumą, kurią įmonei kainuotų perduoti gamybą iš išorės. Galimi ir kiti sandorių kainodaros metodai. Sandorių kainodaros lankstumas dažnai laikomas šios sistemos pranašumu.