Veterinarijos pasaulyje pagrindinės vakcinos yra vakcinos, kurios yra labai rekomenduojamos, o kartais net reikalingos. Įvairių gyvūnų, įskaitant šunis, kates ir arklius, vakcinų protokolai paprastai skirstomi į pagrindines ir nepagrindines vakcinas, kad veterinarijos gydytojai galėtų užtikrinti, kad jų pacientai gautų jiems reikalingas vakcinas. Naminių gyvūnėlių savininkams naudinga konkrečiai žinoti, kad rekomenduojama vakcina yra pagrindinė vakcina, nes tai pabrėš, kaip svarbu gauti vakciną kartu su tolesniais stiprintuvais.
Katėms ir šunims pasiutligė yra turbūt labiausiai paplitusi pagrindinė vakcina, nes pasiutligė laikoma rimta rizika. Katėms kačių leukemijos virusas (FeLV) yra dar viena pagrindinė vakcina, ypač katėms, kurios išeina į lauką. Priklausomai nuo to, kur gyvūnas gyvena, į skiepų tvarkaraštį gali būti įtrauktos ir kitos pagrindinės vakcinos. Arklių ligos, tokios kaip miego liga, Vakarų Nilo virusas ir stabligė, dažniausiai įtraukiamos į pagrindinių vakcinų sąrašus.
Priešingai, nepagrindinės vakcinos yra tiesiog rekomenduojamos ir gali būti nebūtinos visais atvejais. Paprastai veterinarai vadovaujasi regioninėmis gairėmis, kurias paskelbė profesinė asociacija, kad nuspręstų, kurias vakcinas skirti, ir gali aptarti nepagrindines galimybes su savo klientais. Pavyzdžiui, jei gyvūnas daug valgo, patartina pasiskiepyti nepagrindine vakcina nuo bordetelos, dar vadinamos veislyno kosuliu, tačiau jei gyvūnas lieka patalpoje ir niekada nenešioja, Bordetella vakcina nebūtina.
Kai kuriuose pasaulio regionuose ypač reikalaujama, kad gyvūnai gautų tam tikras pagrindines vakcinas. Dažniausia reikalinga vakcina yra pasiutligė, nes norima kontroliuoti pasiutligės paplitimą visame pasaulyje. Šalyse, kuriose nepasiutligė neserga, pavyzdžiui, Didžiojoje Britanijoje, visi į šalį atvykstantys gyvūnai turi atvykti su dokumentais, patvirtinančiais, kad jie buvo pasiskiepyti nuo pasiutligės, ir ištirti, ar nėra antikūnų. Aptardamas skiepijimo galimybes, veterinaras paprastai įsitikins, kad savininkai žinotų, kurios pagrindinės vakcinos yra reikalingos, o kurios tiesiog primygtinai rekomenduojamos.
Vertindami, kurios pagrindinės vakcinos turėtų būti įtrauktos į skiepų planą, pareigūnai paprastai atlieka kaštų ir naudos analizę, kad nustatytų, ar vakcinų nauda yra didesnė už skiepijimo riziką. Nors skiepijimai nuolat tampa saugesni, jie kelia tam tikrą pavojų sveikatai, todėl ši analizė skirta į tai atsižvelgti. Gyvūnų savininkai visada turėtų kuo greičiau pranešti apie nepageidaujamas reakcijas į vakcinas, tiek dėl statistinių priežasčių, tiek dėl to, kad įmonėms būtų suteikta laiko atšaukti vakcinas, jei jos nustato, kad daug kas buvo pažeista.