Yra įvairių rūšių jūrų kiaulytės problemų, kai kurios iš jų gali būti pakankamai rimtos, kad prireiktų veterinarinės priežiūros. Virškinimo trakto ligos yra dažnos naminių jūrų kiaulyčių tarpe, kaip ir kailių pešiojimas. Kai kurių jūrų kiaulyčių savęs žalojimas skinant kailį ir odą gali sukelti infekciją. Tai gali atsirasti dėl neveiklumo ar nuobodulio, netinkamos mitybos ar prastų laikymo sąlygų. Jūrų kiaulytės problemos taip pat gali būti susijusios su erkučių įsisiurbimu, kurią gali perduoti vienas graužikas kitam.
Jūrų kiaulytės yra įprastos namų augintinės ir, nors jos yra atsparios, jos yra jautrios tam tikriems negalavimams. Viena iš labiausiai paplitusių jūrų kiaulyčių problemų yra pilvo pūtimas ir viduriavimas. Tai gali būti dėl bakterinės infekcijos ar parazitų. Kad ir kokia būtų priežastis, sunkus jūrų kiaulytės viduriavimas gali sukelti gyvybei pavojingą dehidrataciją. Tokiu atveju būtinas geriamojo drėkinimo tirpalas, taip pat gali būti rekomenduojama keisti mitybą.
Staigiai pakeitus jūrų kiaulytės mitybą, gyvūnas gali visai nustoti ėsti. Su anoreksija susijusios jūrų kiaulytės problemos taip pat gali kelti pavojų gyvybei. Ši būklė nėra neįprasta jūrų kiaulytėms, o greitas svorio kritimas gali būti mirtinas, jei nesiimama intervencijos. Veterinaras gali rekomenduoti atlikti kraujo tyrimus, kad būtų išvengta ligos.
Neretai jūrų kiaulyčių problemos yra susijusios su dantų problemomis. Jūrų kiaulytės, kurių krūminiai dantys yra peraugę, gali patirti mitybos trūkumo dėl gyvūno nenoro ėsti. Tokiu atveju veterinarijos gydytojui gali prireikti apkarpyti graužiko dantis. Veterinarai specialiais instrumentais apžiūri ir apkarpo jūrų kiaulytės smilkinius.
Gyvūnų savininkai, turintys senesnių jūrų kiaulyčių, gali pastebėti nemalonų kvapą iš gyvūno tiesiosios žarnos. Tai gali būti dėl vadinamojo tiesiosios žarnos susitraukimo dėl minkštų išmatų, o tai būdinga vyresniems graužikams. Švelnus valymas gali padėti pašalinti tiesiosios žarnos sritį supančias išmatas. Tačiau kai kuriais atvejais jūrų kiaulytę gali tekti gydyti veterinarijos gydytojas.
Kvėpavimo takų ligos, tokios kaip pneumonija, yra dažnos vyresnio amžiaus jūrų kiaulytėms arba gyvūnams, turintiems sveikatos sutrikimų. Bakterinė pneumonija gali būti mirtina, jei nebus nedelsiant gydoma. Kai viename narve laikomos dvi ar daugiau jūrų kiaulyčių, infekcija gali greitai išplisti tarp graužikų. Būtina reguliariai dezinfekuoti narvus ir šėrimo indus, kad būtų išvengta ligų plitimo tarp naminių jūrų kiaulyčių.