Yra trys būdai, kaip prieš verdant pupeles mirkyti – leisti joms tinkamai išvirti vėliau, pašalinti nepageidaujamas medžiagas ir nešvarumus nuo jų paviršiaus, ar abu. Klasikiausias būdas mirkyti pupeles yra tiesiog sudėti pupeles į dubenį ar keptuvę, pagamintą iš nereaguojančios medžiagos, ir užpilti šaltu vandeniu, leisti mirkti kelias valandas arba per naktį, kol suminkštės. Kiti du metodai, naudojami pupelėms mirkyti, yra trumpai virti pupeles verdančiame vandenyje ir leisti mirkti šiltame vandenyje valandą ar ilgiau. Buvo žinoma, kad abu metodai veikia gerai, nors pupelių amžius ir rūšis gali smarkiai paveikti mirkymo ir virimo laiką. Svarbu išmirkytas pupeles kruopščiai nuplauti ir išvirti šviežiame puode su vandeniu, nes mirkant vanduo bus pilnas medžiagų, kurių nederėtų valgyti, dalelių, kurios gali turėti įtakos gatavų pupelių skoniui.
Paprasčiausias, bet daugiausiai laiko reikalaujantis būdas mirkyti pupeles – uždengti jas šaltu vandeniu ir leisti pastovėti tiek laiko, kiek reikia, kad suminkštėtų. Šis metodas veikia gerai ir jo pranašumas yra tas, kad visiškai pašalinami junginiai, tokie kaip fitino rūgštis, kuri gali užkirsti kelią mineralų pasisavinimui, ir oligosacharidai, kurie yra netinkamai virškinami cukrūs ir gali sukelti dujų susidarymą. Lėtas mirkymas taip pat suteikia pupelėms galimybę palaipsniui sugerti skystį, užkertant kelią odelių skilimui ar pupelių sprogimui. Be to, visi nešvarumai ar kiti likučiai, likę ant paviršiaus po apdorojimo, bus pašalinti ir pateks į vandenį. Kai kuriais atvejais svarbu neleisti, kad pupelės per ilgai mirktų šiltame vandenyje, kai oras labai šiltas, nes yra nedidelė tikimybė, kad pupelės pradės fermentuotis arba dygti.
Greitesnis būdas, kuriuo galima mirkyti pupeles, yra sudėti pupeles į puodą ir uždengti šaltu vandeniu. Tada keptuvė kaitinama, kol užverda vanduo, o pupelėms leidžiama virti keletą minučių. Užvirus keptuvė nukeliama nuo ugnies ir paliekama pupelėms mirkti kelias valandas. Taip paruoštų pupelių nereikia mirkyti per naktį, tačiau išvirus jos gali turėti tvirtesnę tekstūrą. Panašus metodas apima tą patį procesą, tačiau vietoj paprasto puodo naudojamas greitpuodis, o slėgiui leidžiama natūraliai sumažinti prieš išimant pupeles, taip sumažinant laiką, per kurį pupelės turi mirkti.
Nesvarbu, koks metodas naudojamas pupelėms mirkyti, mirkymą naudotą vandenį reikia išpilti. Visos pupelėse ir ant jų esančios medžiagos bus vandenyje ir gali turėti įtakos skoniui. Po mirkymo pupelės taip pat turi būti nuplaunamos, kad pašalintumėte visas medžiagas, kurias vanduo galėjo palikti ant jų paviršiaus. Atėjus laikui virti pupeles, keptuvėje reikia naudoti šviežią šaltą vandenį.