Elnių mėsos apdorojimas nedaug skiriasi nuo jautienos mėsinės mėsos, o skerdeną reikia prižiūrėti tiek pat. Reikalingas sidabrinės odos ar gyslų pašalinimas iš elnio mėsos dažniausiai yra didžiausias skirtumas tarp šių dviejų. Kai elnias pakabinamas, jam leidžiama atvėsti ir gerai nukraujuoti, kailis pašalinamas. Riebalai paprastai nupjaunami pirmajame elnio mėsos perdirbimo etape, po to pašalinama sidabrinė mėsos oda. Apdorojant elnių mėsą, užpakaliniai dirželiai dažniausiai nuimami, po to nuimami užpakaliniai ketvirčiai, šonkaulių dalys ir priekiniai ketvirčiai bei kaklas.
Nugaros dirželiai arba nugarinės, kaip jie dažniausiai vadinami, paprastai perpjaunami drugelio būdu apdorojant elnių mėsą. Šis gabalas daugeliui valgytojų taip pat yra labiausiai pageidaujamas elnienos gabalas. Retkarčiais, apdorojant mėsą su nuolaida, šios nugarinės yra supjaustomos į dalis, vadinamą kotletais, kuriuose yra nedideli stuburo ir viršutinės šonkaulio mėsos gabalėliai. Tai yra įprasta praktika kai kuriose perdirbimo įmonėse dėl proceso tikslingumo, palyginti su nugarinės pjaustymu ir apipjaustymu rankomis. Kai kuriose vietovėse, kuriose yra linkęs sirgti elnių lėtine išsekimo liga (CWD), didžioji dalis kaulų, įskaitant šonkaulius, stuburą ir kaklo kaulus, yra išmetami, o žmonės jų nevartoja.
Užpakaliniai ketvirčiai supjaustomi į kepsnius, kepsnius ir bet kokie smulkūs gabalėliai paliekami mėsainių mėsai. Paprastai atšaldomi iki beveik užšalimo, dideli ketvirčiai dedami į juostinius pjūklus elnių mėsos perdirbimo įmonėje ir supjaustomi norimais gabalais. Apvalūs kepsniai ir kepsniai yra didžiausi užpakalinių ketvirčių gabalai. Šonkauliai nupjaunami iš riebios ir sidabrinės odos ir suskirstyti į mažas pakuotes. Priekinės kojelės gali būti supjaustytos į atskirus kepsnius arba paliktos sveikos kaip kepsnys, atsižvelgiant į kliento pageidavimus.
Daugumoje elnių mėsos perdirbimo įmonių nieko nelieka švaistyti. Mėsainiams ar troškiniams gaminti naudojami nedideli mėsos gabalėliai iš krūtinėlės, šonkaulio ir kaklo sričių. Kailis taip pat parduodamas, rauginamas ir naudojamas odai. Populiarus pasirinkimas naudojant elnių mėsos perdirbimo įmonę – visą ar dalį gyvulio paversti elnienos džemperiu, vasarine dešra ar pipirų lazdelėmis. Ši parinktis yra geras būdas išnaudoti visą gyvūną maitinant draugus ir šeimos narius vakarėlių, šventinių patiekalų ar paprastų pasisėdėjimų metu.