Gaminant ekologišką raudonąjį vyną paprastai nenaudojami sulfitai, sintetiniai pesticidai ar trąšos, ir daugelis žmonių gali manyti, kad tai naudinga, nes kai kurie įrodymai rodo, kad tai gali būti žalinga. Sulfitai yra vyne dažnai naudojamas konservantas, dėl kurio žmonėms skauda galvą, o sintetiniai pesticidai ir trąšos yra žmogaus sukurtos medžiagos, naudojamos kenkėjams atbaidyti ir žemei augti. Dirbtiniuose pesticiduose ir trąšose gali būti nuodingų cheminių medžiagų, kurios, vartojamos, gali pakenkti žmogaus sveikatai. Nepaisant galimų ekologiško raudonojo vyno pranašumų, jis paprastai yra daug brangesnis nei įprastas raudonasis vynas, todėl daugelis žmonių gali neturėti galimybės jo reguliariai nusipirkti.
Visų rūšių raudonajame vyne paprastai gausu antioksidantų, kurie gali būti naudingi kovojant su vėžiu ir kitomis ligomis. Tikėtina, kad ekologiškame raudonajame vyne šių antioksidantų yra daugiau nei įprastame raudonajame vyne, nes jis tikriausiai nebuvo taip stipriai apdorotas. Medžiagos, naudojamos auginant vynuoges raudonajam vynui, pavyzdžiui, sintetinės trąšos ir pesticidai, taip pat gali sumažinti natūraliai vyne esančių antioksidantų skaičių. Kai kuriuose neekologiškuose raudonuosiuose vynuose papildomai gali būti dirbtinių dažiklių ir švino, kuris kartais patenka į vyną gamybos metu, o tai gali būti kenksminga. Ekologiškame raudonajame vyne paprastai nėra nieko dirbtinio, įskaitant spalvas, ir jis paprastai gaminamas tradiciniais metodais, nenaudojant švino ar kitų cheminių medžiagų.
Nors ekologiškas raudonasis vynas turi daug privalumų, daugelis žmonių mano, kad jo didelė kaina yra didelis trūkumas. Ne visas ekologiškas raudonasis vynas yra brangus, tačiau didžioji jo dalis yra daug brangesnis nei įprastas raudonasis vynas. Ekologiški vynai paprastai yra brangūs, nes naudojami tvarūs ūkininkavimo metodai ir brangesnis tradicinis perdirbimas. Ekologiško raudonojo vyno gamintojai už savo produktą dažnai turi imti nemažą sumą, kad kompensuotų jo sukūrimo išlaidas. Tikriausiai yra daug žmonių, kurie norėtų gerti ekologišką raudonąjį vyną, nes jis gali būti šiek tiek sveikesnis nei alternatyvus, tačiau jie negali to padaryti, nes negali sau to leisti.
Geriant raudonąjį vyną, kuris nėra ekologiškas, gali būti tam tikrų trūkumų, tačiau dauguma ekspertų sutinka, kad gamybos procese naudojamų sintetinių medžiagų paprastai yra toks nedidelis kiekis, kad greičiausiai jos neturėtų didelės įtakos žmogaus sveikatai. Ekologiškas raudonas vynas gali būti gera alternatyva neekologiškam vynui, tačiau žmogus, kuris to negali sau leisti, tikriausiai neturėtų per daug susirūpinti gerti neekologišką vyną. Visų rūšių vyną, tiek ekologišką, tiek neekologišką, geriausia vartoti atsargiai ir saikingai dėl didelio alkoholio kiekio.