Maisto atšaukimo priežasčių yra daug. Jeigu yra pagrindo įtarti pavojų sveikatai bet kuriame maisto perdirbimo ir pakavimo etape, nurodomas maisto produktų atšaukimas. Dažniausios maisto atšaukimo priežastys yra mikrobiologinis užterštumas, pašalinių medžiagų buvimas ir ženklinimo klaidos.
Užterštumas salmonelių bakterijomis yra dažniausia maisto atšaukimo priežastis. Ši bakterija gyvena žmonių ar gyvūnų išmatose ir perduodama kitiems žmonėms ar gyvūnams. Iš daugiau nei 2,300 salmonelių rūšių du dažniausiai pasitaikantys tipai yra salmonella enteritidis ir salmonella typhimurium. Šios dvi salmonelių rūšys sukelia pusę visų žmonių infekcijų. Šios bakterijos neturi įtakos maisto, kuriame jos yra, skoniui, išvaizdai ar kvapui.
Salmonella yra tik viena iš mikrobiologinės taršos rūšių, kuri yra atsakinga už maisto atšaukimą. Mikrobiologinę taršą gali sukelti bet kurios maiste gyvenančios bakterijos. L. monocytogenes ir E. coli yra du dažniausiai pasitaikantys užteršimo tipai po salmonelių. Kaip ir salmonelės, šios bakterijos nedaro jokio pastebimo poveikio maistui tol, kol maistas yra suvartotas, kai poveikis yra labai pastebimas ir panašus į gripo simptomus.
Kitos pašalinės medžiagos maiste yra dažnos maisto atšaukimo priežastys. Kartais pašalinės medžiagos yra supakuotos su maistu ar net virti į jį. Dažniausi pašalinių medžiagų atšaukimai atsiranda dėl metalo, stiklo ir plastiko. Šie maisto produktai atšaukiami siekiant apsaugoti visuomenę nuo užspringimo ir vidaus organų pažeidimo. Kiti medžiagų tipai, galintys sukelti atšaukimą, yra guma, augalinės medžiagos arba gyvūnų ar vabzdžių užteršimas.
Nuo 2004 m. dėl informacijos apie alergenus ženklinimo klaidų gerokai padaugėjo maisto atšaukimo. Klaidingai paženklintus maisto produktus reikia atšaukti, kad būtų išvengta pavojaus visuomenės sveikatai. Jei maisto produktuose yra riešutų, pieno ar kitų medžiagų, kurioms didelė gyventojų yra alergiška, tai turi būti aiškiai nurodyta etiketėse. Taip maistui alergiškiems žmonėms lengviau žinoti, ką jie virškina, ir išvengti alerginių reakcijų, kurios gali būti mirtinos.
Gamybos problemos taip pat yra dažna maisto atšaukimo priežastis. Gamybos problemos iš esmės apibūdina maisto perdirbimo ir pakavimo disfunkciją. Šios problemos gali apimti klaidas ženklinant etiketę arba leidžiant į maistą patekti į išorinius teršalus. Kartais užteršimo šaltinis yra produkto pakuotė. Švinas ir kiti toksinai gali patekti į maistą iš talpyklos, į kurią jie dedami.