Nykstanti ekosistema – tai natūrali aplinka, kuriai gresia žlugimas ir išnykimas dėl žmogaus veiklos, užterštumo ir rūšių išnykimo ar pertekliaus, be kitų veiksnių. Gyvos ir negyvos būtybės sąveikauja, kuria tarpusavyje priklausomus santykius ir keičiasi energija bei medžiaga ekosistemose, kurios gali būti tokios didelės kaip planeta arba mažos kaip dubuo. Kai sutrinka aplinkos rūšių ir fizinių bei cheminių veiksnių tarpusavio priklausomybė, ekosistemai kyla pavojus ir ji gali visiškai suirti. Ekosistemos žlugimo pasekmės yra masinis išnykimas, nekontroliuojamas rūšių populiacijų augimas, žmonių aprūpinimo maistu sutrikimas, erozija, potvyniai, spartėjanti klimato kaita ir didelių gamtinės aplinkos regionų irimas.
Yra daug natūralių ir žmogaus priežasčių, dėl kurių kyla nykstanti ekosistema, kurios dažnai sutrikdo ekosistemos maisto grandinę ir fizinę aplinką. Perteklinis tam tikrų vandens rūšių, pvz., ryklių ar paprastųjų tunų, žvejyba gali neigiamai paveikti mitybos grandinę, nes išeikvoja stambius plėšrūnus, kurie neleidžia nekontroliuojamiems mažesnių rūšių populiacijų augimui. Be stambių plėšrūnų daugelis rūšių veisiasi daugiau, nei artimiausios aplinkos galimybės jas išlaikyti, todėl sumažės ištekliai ir maistas bei iškils pavojus ekosistemai.
Išnaudojus dabartinės ekosistemos išteklius, perveista rūšis gali persikelti į naują aplinką, kur gali tapti invazine ir destruktyvi. Žmogus taip pat gali įnešti rūšis į ekosistemą, siekdamas suvaldyti vietinių gyvūnų ar vabzdžių populiaciją, tačiau jos turi žlugdantį poveikį.
Teršalai gali turėti domino efektą nykstančioje ekosistemoje, naikindami fizinę aplinką ir žudydami ar mutuodami rūšis. Pavyzdžiui, į vandens ekosistemą patekęs teršalas gali nužudyti augalus, kuriuos vartoja didesnės žuvys ir vėžiagyviai. Šios žolėdžių rūšys pradeda mirti ir taip išeikvoja sistemos mėsėdžių plėšrūnų, kurie taip pat gausiai žūva, arba migruoja į naują ekosistemą ieškodami pragyvenimo, maisto šaltinius. Be to, teršalai gali sukelti ekosistemos rūšių mutaciją, dėl kurios gali atsirasti visko – nuo nevaisingumo iki papildomų galūnių ir žalingų fizinių defektų.
Statyba, plėtra ir kita žmogaus veikla, įskaitant medžioklę, gali sukelti pavojų ekosistemai. Netinkamai valdoma ar perteklinė medžioklė gali susilpninti rūšies populiaciją, pašalindama gyvūnus greičiau, nei jie gali veistis, ir taip nutraukti mitybos grandinę. Statyba ir plėtra gali sunaikinti fizinę ekosistemos aplinką, nuo kurios priklauso gyvų rūšių išlikimas. Jei nykstančios ekosistemos rūšys nebus sėkmingai perkeltos, joms gali grėsti išnykimas.