Natūropatiniai tyrimai paprastai apima kūno funkcijų analizę naudojant netradicinės medicinos metodus. Kartais paimami kraujo mėginiai natūropatiniams tyrimams, gali būti atliekama ir širdies veiklos analizė. Kompiuteriniai instrumentai gali būti naudojami analizuojant nervų sistemos energiją per akupunktūros taškus, o kitos analizės gali padėti nustatyti maisto netoleravimą, imunines problemas ir toksinus, susijusius su konkrečiais organais. Virškinimo funkcija dažnai yra natūropatinių tyrimų dalis, kaip ir kūno riebalų, vandens ir kaulų sudėties analizė.
Daug kartų tyrimai ir mėginių analizė atliekami namuose, atliekant natūropatinius tyrimus. Jei reikia, specialistas gali siųsti mėginius į laboratoriją. Šio tipo medicininiai tyrimai paprastai yra skirti kūno energijai, įskaitant tai, kaip manoma, kad ji yra susijusi su sistemine pusiausvyra ir įvairių organų sveikata. Atliekant tyrimus dažnai reikia paimti paciento kraujo mėginius. Kartais tai daroma paimant kraują iš piršto; dažnai atliekama mikroskopinė analizė, siekiant nustatyti vitaminų ir mineralų trūkumą, taip pat įvairių medžiagų toksiškumą.
Kraujo tyrimas taip pat gali nustatyti didelį riebalų kiekį ir kepenų trūkumą. Bandymas, vadinamas skaitmenine impulsų bangų analize, paprastai gali išmatuoti arterijų būklę ir nustatyti jų biologinį amžių; Su šiuo testu taip pat galima įvertinti susijusių ligų riziką. Natūropatiniai tyrimai gali ne tik išsamiai stebėti širdies veiklą, bet ir autonominės nervų sistemos bei neurologinių sistemų, kurios yra susijusios su stresu ir ramybės būsenomis, funkciją. Biologiniai reguliavimo procesai dažnai taip matuojami ir natūropatinėje medicinoje.
Kitos procedūros, susijusios su natūropatiniais tyrimais, gali apimti kūno biochemijos analizę. Šlapimas, seilės ir kraujas dažnai tiriami dėl fermentų ir molekulių, taip pat aminorūgščių, reikalingų normaliai veiklai. Atsparumas ir metalų toksiškumas kartais analizuojami tokiais metodais, siekiant rasti potencialiai kenksmingų elementų perteklių. Elektros odos tyrimas paprastai apima rodmenų paėmimą iš akupunktūros taškų, o tai, natūropatijos gydytojų nuomone, apibūdina vidaus organų funkciją.
Toksinų ir mineralų galima rasti ir ištyrus plaukus, nes juose yra susikaupę daug šių medžiagų. Natūropatinės medicinos tyrimai parodė, kad tam tikri akių, imuninės ir kepenų bei skausmo gydymo būdai dažnai yra veiksmingi įvairioms amžiaus grupėms. Dažnai atliekami įvairių kūno funkcijų tyrimai, o natūropatiją, kaip sveikatos priežiūros formą, toliau tiria įvairios mokslinių tyrimų grupės, susijusios su dideliais institutais ir universitetais.