Endeminė maliarija yra maliarija, kuri natūraliai ir nuolat egzistuoja regione, nes yra daug ligos pernešėjų, užtikrinančių, kad ji ir toliau bus perduodama per visuomenę. Šalys, kuriose maliarija yra endeminė, daugiausia yra tropikuose ir dažniausiai yra besivystančios šalys, turinčios ribotą visuomenės sveikatos infrastruktūrą kovai su liga. Kovojant su maliarija visame pasaulyje, daugiausia dėmesio buvo skiriama endeminės maliarijai, siekiant išnaikinti ją šiuose regionuose ir pašalinti natūralius ligos rezervuarus.
Maliarija tampa endemine kai kuriuose regionuose. Šio parazito gyvavimo ciklo metu reikia tam tikrų rūšių uodų, todėl jis negali tapti endeminiu regionuose, kuriuose šios rūšys nepalaikomos. Tropikai dažniausiai yra labai svetingi uodams dėl šilumos ir daug stovinčio vandens. Regionuose, kur uodų kontrolė yra ribota, gali būti sunku užkirsti kelią užkrėstiems vabzdžiams įkąsti žmonėms ir pernešti infekciją.
Jei žmonių populiacija naudoja maliarijos profilaktiką, šie įkandimai nėra problema, nes parazitai negali išgyventi jų organizme. Tačiau nenuoseklus profilaktikos naudojimas arba jo nebuvimas sudaro sąlygas užsikrėsti maliarijos infekcijomis, o užsikrėtę pacientai tęs parazito gyvavimo ciklą, nes uodai maitinsis jais ir pasisavins užkrėstą kraują, taip išlikdami ligą. Žmonės taip pat keliauja, kartu su savimi atsineša parazitą ir sukuria begalę naujų vektorių.
Endeminės maliarijos kontrolės pastangos apima bandymus apriboti uodų populiacijas ir vabzdžių bei žmonių kontaktą, pvz., naudoti pesticidus, tikrinti namus ir lovas, kad vabzdžiai nepatektų į vidų, ir dozuoti žmonėms junginius, kurie, kaip žinoma, sukelia uodų nevaisingumą, taip užkertant kelią vabzdžiai iš veisimosi. Įperkamos maliarijos profilaktikos ir gydymo teikimas yra dar viena priemonė šiai problemai spręsti. Keliautojams į regionus, kuriuose yra endeminė maliarija, paprastai patariama vartoti profilaktinius vaistus, kad jie nesineštų viruso su savimi namo.
Šalyse, kuriose visuomenės sveikatos infrastruktūra yra dėmėta ir menkai palaikoma, endemine maliarija sunku kovoti. Kai kuriuose regionuose virusas yra kontroliuojamas, tačiau kituose jis gali būti plačiai paplitęs ir labai paplitęs. Keliaudami tarp regionų, jie parsineša parazitą pirmyn ir atgal, sukeldami naujus ligos protrūkius. Nuosekli ir net maliarijos kontrolės politika taip pat turi kirsti sienas, nes griežta programa vienoje šalyje neduoda jokios naudos, jei šalia esančioje šalyje yra neveiksminga maliarijos kontrolės programa.