Kai imuninė sistema veikia normaliai, organizme atsiranda tolerancijos būsena, reaguodama į savo baltymus. Tačiau kai kuriais atvejais gali išsivystyti autoimuninė būsena, kai imuninė sistema atpažįsta ir reaguoja į vieną ar kelis organizmo baltymus. Kai taip atsitinka, susiformavusi imuninė reakcija gali turėti rimtą poveikį sveikatai.
Imuninė sistema išsivystė į labai specializuotą reakciją, kuri atpažįsta ir sunaikina svetimus baltymus ir organizmus. Šiuo atžvilgiu imuninė sistema skiria tik „savęs“ ir „nesavarankį“. Baltymai, kuriuos gamina kūnas, yra savarankiški ir sukelia imunologinės tolerancijos būseną; Virusų, bakterijų, parazitų, augalų, gyvūnų ir kitų žmonių baltymai yra nesavarankiški ir gali sukelti imuninį atsaką.
Imunologinė tolerancija yra būsena, kai imuninis atsakas yra aktyviai slopinamas savo baltymų atžvilgiu. Tačiau kai kuriais atvejais organizmas gali sukurti imuninį atsaką, o ne toleranciją vienam ar keliems savo baltymams. Šis savarankiškai nukreiptas imuninis atsakas vadinamas autoimunite.
Labiausiai žinomi autoimuniniai sutrikimai yra 1 tipo diabetas ir reumatoidinis artritas, taip pat išsėtinė sklerozė ir vilkligė. Kiekvienu atveju autoimuninės ligos simptomai atsiranda, kai imuninė sistema atakuoja savo baltymus. Atsiradęs imuninis atsakas gali sukelti audinių sunaikinimą, lėtinį uždegimą ir kitus sekinančius simptomus.
Pavyzdžiui, 1 tipo diabeto atveju imuninės ląstelės sunaikina insuliną gaminančias kasos ląsteles, todėl reikia išorinio insulino šaltinio. Priešingai, reumatoidinis artritas yra ląstelių imuninio atsako į sąnarių audinį, sukeliančio lėtinį skausmą ir uždegimą, rezultatas. Sisteminė vilkligė atsiranda, kai organizmas gamina autoimuninius antikūnus, kurie reaguoja į baltymo tipą, esantį beveik visose kūno ląstelėse. Ši ligos forma gali būti ypač pavojinga, nes ji gali pažeisti organus, sąnarius, raumenis ir kraują.
Nors bendros autoimuniteto priežastys nežinomos, daugybė teorijų bando atsižvelgti į autoimuninių ligų vystymosi populiacijose modelius. Viena teorija remiasi tuo, kad moterys labiau linkusios susirgti autoimunitetu nei vyrai, be to, kad nėštumas padidina moters riziką susirgti autoimuniniu sutrikimu. Remiantis šia teorija, ši rizika didėja, nes nėštumo metu moterys per placentos barjerą patenka į vaisiaus baltymus, o tai gali sutrikdyti baltymų toleranciją savaime.
Kita teorija bando paaiškinti, kodėl per pastaruosius kelis dešimtmečius daugelyje Vakarų šalių išaugo autoimuninių sutrikimų dažnis. Higienos hipotezė paaiškina, kad padidėjęs dėmesys higienai sumažino ne savo baltymų poveikį ir sumažino galimybę imuninei sistemai „išmokti“ atskirti save nuo savęs. Šią teoriją patvirtina tam tikri įrodymai, nes Vakarų pasaulyje autoimunitetas yra daug labiau paplitęs nei šalyse, kuriose populiacijai būdinga viena ar kelios infekcinės ligos.