Hipoplastinio kairiosios širdies sindromo (HLHS) priežastys lieka sunkiai suprantamos. Nėra nei vieno geno disfunkcijos, kuri galėtų tai parodyti, arba motinos elgesio, kuris visada tai nuspės. Paprastai gydytojai mano, kad HLHS sukelia daugybė veiksnių. Tai gali būti paveldėjimas, lytis, kitų sindromų buvimas ir kartais motinos elgesys.
Kol vaisius vystosi, manoma, kad tiesioginė HLHS priežastis yra širdies kairiosios pusės, įskaitant skilvelį, prieširdžius ir aortos bei mitralinius vožtuvus, struktūrinis apsigimimas ir nepakankamas išsivystymas. Kai kurie gydytojai mano, kad šis procesas gali prasidėti jau aštuntą vaisiaus gyvenimo savaitę. Viena teorija teigia, kad mitralinis vožtuvas ir aorta vystosi netinkamai ir blokuoja kraujo tekėjimą į kairįjį prieširdį ir skilvelį. Be maistinių medžiagų turinčio kraujo šios struktūros negali augti.
Pradinių anomalijų priežastis nėra paaiškinta, o tai reiškia, kad pagrindinė šios būklės priežastis vis dar paslaptinga. Pastaraisiais metais kai kurie tyrimai parodė ryšį tarp nedidelių kairiųjų širdies defektų, ypač aortos, ir didesnės HLHS rizikos. Ši būklė gali pasireikšti vaikams, kurių tėvai, tetos ar dėdės arba seneliai turi kairiojo šono defektų. Tyrėjai taip pat žino, kad tėvai, auginantys vieną vaiką, sergantį HLHS, dažniau turi kitą vaiką, sergantį šia liga.
Papildomas veiksnys, kuris, atrodo, yra iš dalies hipoplastinio kairiosios širdies sindromo priežastis, yra lytis. Berniukai šia liga serga dažniau nei mergaitės, ir jie gali sudaryti apie 75% visų HLHS atvejų. Tai rodo, kad vien lytis gali padidinti riziką.
Kai kurios genetinės sąlygos yra susijusios su HLHS. Tai yra Holt-Oram, Turner ir Noonan sindromai. Tačiau tokios sąlygos nėra nuolatinės per mažos kairiosios širdies pusės ir gali sukelti kitų širdies defektų.
Nors nė vienas motinos elgesys nėra nustatytas kaip hipoplastinio kairiosios širdies sindromo priežastis, yra keletas dalykų, kurie gali padidinti visų širdies defektų riziką. Įrodyta, kad tam tikrų nelegalių ar receptinių vaistų vartojimas padidina nenormalaus vaisiaus širdies vystymosi tikimybę. Folio rūgšties nevartojimas prieš pastojimą ir nėštumo pradžioje taip pat patikimai siejamas su didesne širdies ydų tikimybe.
Nepaisant šių žinomų galimų priežasčių, nėra taip neįprasta, kad kūdikis gimsta su HLHS neturėdamas jokių šios būklės rizikos veiksnių. Kai tai įvyksta, tai pabrėžia įsitikinimą, kad hipoplastinio kairiosios širdies sindromo priežastis yra daugiafaktorinė. Kitaip tariant, tai kyla dėl daugelio priežasčių.
Tyrėjai dar neatskleidė tikslaus HLHS sukeliančių veiksnių derinio ir gali būti, kad jų nėra. Ši būklė visada yra mirtina be chirurginės intervencijos, kuri paprastai imama pirmosiomis gyvenimo dienomis. HLHS šiuo metu nėra išgydoma, tačiau eilė pakopinių operacijų ar širdies persodinimo gali pailginti gyvenimą kelerius metus.