Mokslinė medicina reiškia medicinos rūšį, kuri išsivystė per pastaruosius kelis šimtmečius ir nuo 19 amžiaus tapo tuo, ką dabar žinome kaip įprastinę mediciną. Šiuolaikinė medicina, kaip ji dar vadinama, priklauso nuo mokslinių stebėjimų, skirtų gydymui ir žmogaus kūno supratimui. Gemalų teorijos ir infekcinių ligų priežasčių atradimas buvo svarbus mokslinės medicinos laimėjimas. Prieš susikuriant mokslinei medicinai, buvo madingi įvairūs požiūriai į mediciną, pavyzdžiui, kraujavimas ir valymas, tačiau atsiradus įrodymais pagrįstiems gydymo būdams, jie nukrito. Mokslinėje medicinoje svarbiausias buvo išsilavinimas ir gydytojų kvalifikacija pagal mokslo standartą.
Technologijų pažanga medicinos srityje XIX amžiuje labai prisidėjo prie žmogaus kūno ligų supratimo. Mikroskopai leido mokslininkams identifikuoti ir apibūdinti ląsteles ir išsiaiškinti, kurios ląstelės buvo nenormalios ligos metu. Buvo išrasta įranga, kuri vis dar naudojama tam tikra forma, pavyzdžiui, stetoskopai ir rentgeno aparatai. Dėl naujų cheminės sintezės ir tobulinimo procesų pramonės revoliucijos metu farmakologija, vaistų tyrimas ir gamyba, tapo komerciškai perspektyvesnė nei anksčiau.
Laboratoriniai metodai, tokie kaip mikroskopinė analizė ir cheminiai medžiagų, tokių kaip šlapimas, tyrimai taip pat tapo naudingi gydytojams per tą laiką. Fiziologija, kuri tiria, kaip kūnas veikia, taip pat padėjo šiam procesui. Gemalų teorija, pripažinusi mikroskopinius organizmus, sukėlusius infekcines ligas, yra dar viena svarbi mokslinio medicinos požiūrio dalis. Gydytojai taip pat labiau susidomėjo eksperimentine medicina ir dokumentavo savo bandymus bei rezultatus kitiems medicinos specialistams.
Tam tikro gydymo veiksmingumo tikrinimo sistema, vadinama skaitmeniniu metodu, taip pat buvo sukurta XIX a. Konkrečių gydymo būdų rezultatus būtų galima išanalizuoti pasitelkus statistiką, o tada gydytojas galėtų pamatyti, ar gydymas buvo naudingas, nenaudingas ar pavojingas. Šis įrodymų tikrinimo metodas, kuris yra būtinas šiuolaikiniams klinikiniams tyrimams, reiškė, kad anksčiau įprastos gydymo galimybės, tokios kaip kraujo nuleidimas, buvo atmestos ir pakeistos gydymu, kurių veiksmingumą galėjo įrodyti gydytojas.
Nors mokslinės medicinos pažanga tęsėsi XIX amžiuje, atskirose šalyse nebuvo vienos išsilavinimo kvalifikacijos, kuri galėtų parengti gydytojus, dirbusius pagal įrodymais pagrįstą mediciną. Profesinės gydytojų organizacijos, tikėjusios moksline medicina, o ne kitų rūšių medicina, siekė, kad gydytojai praktikuojantys žmonės įgytų kvalifikaciją. Mokslo metodą taikančių šalių valdžios institucijos kūrė medicinos licencijavimo tarybas ir pritarė tik toms mokymo įstaigoms, kurios galėjo užtikrinti reikiamą išsilavinimo ir egzaminų standartą studentams.
Standartizavimas reiškė, kad žmonės, kurie praktikavo ne taip griežtai įrodymais pagrįstą mediciną, negalėjo vadintis gydytojais ar dirbti gydytojais. Šiais laikais mokslinė medicina taip pat žinoma kaip tradicinė medicina. Papildomos ir alternatyvios medicinos (CAM) sveikatos priežiūros pramonės šakos nebūtinai taiko tas pačias taisykles kaip mokslinis metodas ir gali neturėti to paties įrodymais pagrįsto požiūrio į mediciną.