Geltonosios karštinės injekcijos turi panašų šalutinį poveikį kaip ir kitos vakcinos. Dauguma žmonių, kuriems pasireiškia šalutinis poveikis, jaučia tik nedidelį diskomfortą: šūvio vieta gali skaudėti, atsirasti mėlynių ir patinti; taip pat gali būti lengvas karščiavimas, kurį lydi skausmas ir šaltkrėtis. Keletas žmonių, kuriems pasireiškia sunkūs simptomai, gali patirti kvėpavimo pasunkėjimą, elgesio pokyčius, traukulius, aukštą karščiavimą, nereguliarų širdies plakimą, dilgėlinę ir kitus simptomus, kuriems reikia nedelsiant gydyti. Geltonosios karštinės injekcijų šalutinis poveikis paprastai pasireiškia per pirmąją valandą po injekcijos, tačiau gali pasireikšti ir per 30 dienų po injekcijos.
Gydytojai atidžiau stebi šalutinį poveikį žmonėms, kurie niekada nebuvo suleidę geltonosios karštinės. Neturint vakcinacijos istorijos, neįmanoma žinoti, kaip žmogus reaguos. Labai mažai tikėtina, kad tiems, kuriems buvo atlikta injekcija ir kurie nepatyrė jokio šalutinio poveikio, pasikartojančių injekcijų metu atsiras šalutinis poveikis.
Daugelis žmonių po geltonosios karštinės injekcijos pajunta tik lengvą poveikį, pvz., injekcijos vietos skausmą ar sustingimą. Asmuo, kuriam šiek tiek skauda, injekcijos vietoje taip pat gali parausti, atsirasti mėlynių ir galbūt patinti. Taip pat gali pasireikšti lengvas ir trumpalaikis karščiavimas. Tokiems simptomams gydyti dažnai nereikia; simptomai turėtų išnykti laikui bėgant. Jei kas nori, jie gali vartoti nereceptinius vaistus, kurie padės sumažinti karščiavimą ir skausmą.
Tie, kurie jaučia sunkius simptomus, turėtų nedelsiant kreiptis į gydytoją. Sunkus geltonosios karštinės injekcijų šalutinis poveikis dažniausiai atsiranda dėl alerginių reakcijų ir gali būti mirtinas. Paprastai tie, kurie kenčia nuo tokių reakcijų, yra alergiški viščiukams, kiaušiniams arba želatinai – visoms įprastoms vakcinacijos sudedamosioms dalims.
Tie, kurie turi tokią alergiją, raginami vengti kelionių į Afrikos ir Pietų Amerikos dalis, kur dažnas geltonosios karštinės virusas. Jei žmogus, alergiškas kiaušiniams ar vištienai, turi keliauti į tokius regionus, gydytojas vis tiek gali rekomenduoti skiepą nuo geltonosios karštinės, jei manoma, kad užsikrėtimas virusu yra pavojingesnis gyvybei nei alerginė reakcija nuo šūvio. Gydytojai gali paskiepyti mažesnėmis dozėmis, tikėdamiesi sukelti ne tokią sunkią alerginę reakciją.
Tam tikri demografiniai rodikliai dažniau patiria sunkų šalutinį geltonosios karštinės injekcijų poveikį nei kiti. Kaip minėta, rizikos grupėje yra tie, kurie yra alergiški paukštienai. Nėščioms moterims taip pat patariama nesiskiepyti, nes ji gali pakenkti negimusiam vaikui. Asmenims, kurių imuninė sistema nusilpusi ir kuriems dėl sunkios ligos buvo patyręs organų nepakankamumą, taip pat gali būti patariama neleisti injekcijos. Vaikai iki devynių mėnesių, ypač jaunesni nei šešių mėnesių, laikomi ypač pažeidžiamais neigiamų šalutinių poveikių.