Nepaisant daugelio ekologiškų sodininkų noro ir gerų ketinimų, ateina laikas, kai reikia naudoti insekticidus, kad būtų pašalintos vabzdžiai, kurie užkrečia ir naikina sodo pasėlius. Daugelis nori naudoti natūralų insekticidą, o ne sintetinį cheminį insekticidą. Rotenonas ir piretras yra labai gerai žinomi ir plačiai naudojami natūralūs insekticidai, gauti iš augalų. Kiti natūralūs insekticidai yra nikotinas, neem aliejus ir muilas.
Rotenonas ir piretras dažniausiai naudojami kaip natūralūs insekticidai. Rotenonas gaunamas iš Derris genties tropinių ir subtropinių augalų šaknų. Rotenonas veikia kaip plataus spektro natūralus insekticidas, kuris nuodija tiek susilietus, tiek prarijus. Rotenonas paprastai naudojamas kaip dulkės arba purškalas. Nors jis nėra toksiškas augalams, jis yra labai toksiškas žuvims ir vidutiniškai toksiškas šiltakraujams žinduoliams.
Piretras yra kilęs iš Dalmatijos chrizantemų ir naudojamas dulkių arba skystos suspensijos pavidalu. Didelėse koncentracijose jis veikia kaip natūralus insekticidas, atakuodamas vabzdžių centrinę nervų sistemą. Mažos koncentracijos piretras gali būti netoksiškas vabzdžiams, tačiau išlaiko gebėjimą atbaidyti vabzdžius. Piretras yra toksiškas žuvims, bet mažiau toksiškas žinduoliams nei sintetiniai pesticidai. Jis yra biologiškai skaidus ir lengvai suyra veikiamas šviesos.
Kai kurie ekologiški sodininkai rekomenduoja naudoti muilą, kuris šimtus metų buvo naudojamas kaip natūralus insekticidas. Nustatyta, kad skystas indų ploviklis, pvz., Ivory, skiedžiamas vandeniu iki 1–2 % tirpalo, kuriuo galima purkšti augalus, veiksmingai kovoja su vabzdžiais. Tačiau būkite atsargūs, nes pakartotinis ir kruopštus dengimas didelės koncentracijos muilu gali pakenkti tam tikroms augalų rūšims. Muilas kaip natūralus insekticidas gali būti daug mažiau toksiškas žmonėms ir gyvūnams nei kitos alternatyvos, tačiau jis taip pat gali būti daug mažiau veiksmingas, ypač gydant užkrėtimą.
Nors buvo nustatyta, kad nikotinas, neem ir kiti čia neaptarti botaniniai insekticidai yra veiksmingi su minimalia ar vidutine sėkme, bet koks natūralus insekticidas turėtų būti naudojamas kuo mažiau. Tai, kad naudojate natūralų insekticidą, o ne sintetinį, nereiškia, kad jis yra mažiau kenksmingas gyvūnams ar žmonėms. Bet kokio tipo natūralūs insekticidai turėtų būti naudojami saugiai ir tik tokiu dažnumu, kuris būtinas norint išlaikyti sveiką vaisių ar daržovių derlių.