Nors metalinė fleita dažniausiai yra pati populiariausia, medinė fleita turi tam tikrų pranašumų, todėl kai kurie muzikantai teikia pirmenybę šiam tipui. Pavyzdžiui, medinės fleitos yra žinomos dėl to, kad sukuria sodresnį, galingesnį garsą nei metalinės fleitos, todėl jos gali būti ypač populiarios grojant liaudies muziką. Be to, jie yra gana reti, o tai reiškia, kad tie, kurie pasirenka šį instrumentą, greičiausiai sukurs unikalų garsą. Šio tipo fleita taip pat turi tam tikrų trūkumų, įskaitant tai, kad groti ja reikia daugiau galios, tačiau tai galima ištaisyti šiek tiek retinant medieną.
Medinės fleitos skleidžiamas garsas būna tvirtesnis nei metalinės, taip pat dažnai turi žemišką atspalvį. Dėl šios priežasties jis dažniausiai labiau tinka tradicinei liaudies muzikai nei koncertiniams orkestrams. Kai galingas garsas laikomas svarbesniu už platų diapazoną, geriausia gali būti medinė fleita. Gautas garsas dažnai būna unikalus, padedantis muzikantui grojant išsiskirti.
Dar vienas medinių fleitų privalumas – jos retesnės nei metalinės. Tai daro juos patrauklius tiems, kurie kolekcionuoja neįprastus instrumentus, nes jie gali puikiai papildyti kolekciją. Tai ypač pasakytina apie fleitas, pagamintas iš medienos, kuri buvo suskaldyta, o ne iš pjūklo, nes medienos suskaldymas gali padėti atsikratyti defektų, todėl medžiaga ateityje mažiau įtrūks. Fleitos, pagamintos iš skaldytos medienos, yra retesnės ir brangesnės, tačiau taip pat paprastai tarnauja ilgiau nei pjautinės iš rąstų.
Vienas iš pagrindinių medinės fleitos trūkumų yra tai, kad norint įpūsti į ją reikia daugiau raumenų nei metalinei fleitai. Tai reiškia, kad muzikantai grodami dažnai turi įdėti daugiau pastangų; dėl to jie lengviau pavargsta, todėl negali ilgai groti šiuo instrumentu. Be to, jie paprastai negali skleisti lengvo, erdvaus garso, kaip skambant metalinei fleitai, nes turi stipriai pūsti į fleitą, kad išvis išgirstų muziką. Tačiau yra ir plonesnių korpusų medinių fleitų, o muzikantai grodami šiuo instrumentu gali išnaudoti mažiau energijos. Tai gali būti geriausias pasirinkimas tiems, kurie nori žemiškos medinės fleitos garso, greitai nepavargstant dainų metu.