Paprastai hipoplastinio dešiniosios širdies sindromo (HRHS) priežastinių veiksnių negalima nustatyti. Medicinos mokslas negali susieti būklės su genetinėmis mutacijomis ar paveldėjimu, nors yra labai nedidelė rizika turėti daugiau nei vieną HRHS sergantį vaiką. Nepakankamas folio rūgšties kiekis arba kai kurių vaistų ar medžiagų vartojimas yra susiję su didesne vaisiaus širdies defektų, įskaitant hipoplastinį dešiniosios širdies sindromą, rizika. Kai kurie kelių sistemų genetiniai sutrikimai taip pat gali turėti didesnį HRHS dažnį.
Vaisiaus vystymosi metu hipoplastinis dešinės širdies sindromas atsiranda dėl netinkamo plaučių vožtuvo ir arterijos vystymosi. Kai jie yra nepakankamai išvystyti, jie neleidžia tinkamai cirkuliuoti kraujui per dešinę širdies pusę. Ši kraujotaka reikalinga širdies struktūroms subręsti.
Rezultatas yra per mažas dešinysis skilvelis ir triburis vožtuvas bei atriumas. Dar būdamas gimdoje vaisius gauna deguonies iš motinos, ir šis defektas dažnai yra išgyvenamas. Po gimimo atsiranda rimtų problemų, nes širdis nepajėgia palaikyti kraujotakos plaučiuose, o organizmas greitai pritrūksta deguonies.
HRHS šiuo metu nėra išgydoma, nors galima atlikti etapines operacijas arba širdies persodinimą. Dabar tikimasi, kad daugelis kūdikių, gimusių su šia būkle, išgyvens iki pilnametystės, tačiau tikrieji širdies defektai nepataisomi. Būtina atlikti daugiau chirurginio gydymo tyrimų, tačiau taip pat būtų naudinga suprasti, kas sukelia hipoplastinį dešinės širdies sindromą.
Šiuo metu nebuvo nuosekliai identifikuotas genų rinkinys, turintis įtakos plaučių vožtuvui ir vaisiaus dešiniosios širdies vystymuisi. Kai kurios genetinio pagrindo sąlygos kartais, bet ne visada, sukelia HRHS. Tai apima Ivemarko sindromą, kuris turi susijusių blužnies sutrikimų, dekstrokardiją ir įvairius dešinės pusės defektus. Dauno sindromas yra susijęs su širdies defektais ir kai kuriems, bet ne visiems, gali sukelti hipoplastinį dešinės širdies sindromą.
Nustatyta, kad daugelis vaistų ir medžiagų gali sukelti hipoplastinį dešiniosios širdies sindromą ir kitus širdies defektus. Daugelis pasirinktų serotonino reabsorbcijos inhibitorių ir serotonino norepinefrino reabsorbcijos inhibitorių buvo patikimai susiję su padidėjusiais vaikų širdies defektais. Nuotaikos stabilizatoriai, tokie kaip valproinė rūgštis, karbamazepinas ir litis, turi panašią riziką. Atrodo, kad kokainas ir amfetaminai taip pat sukelia širdies ydas ir kitus apsigimimus.
Tinkamo folio rūgšties kiekio trūkumas jau kurį laiką buvo siejamas su įvairiais apsigimimais. Dabar atrodo, kad dėl nepakankamo kiekio gali būti didesnė tikimybė, kad atsiras tokių būklių kaip hipoplastinis dešinės širdies sindromas ar kiti širdies defektai. Idealiu atveju, norint sumažinti šią riziką, folio rūgštį reikėtų pradėti vartoti prieš pastojimą.
Tėvai, auginantys vaikus su HRHS, dažnai nerimauja, nes nėra šių rimtų ir pavojingų defektų paaiškinimo. Motina gali padaryti „viską teisingai“ ir vis tiek susilaukti kūdikio su hipoplastiniu dešiniosios širdies sindromu. Nors didėjantys išgyvenamumo rodikliai skatina šeimas, jos gali likti nuviliamos, kad mokslininkai negali patikimai nustatyti aiškios priežasties.