Vaikų sąnarių skausmą gali sukelti sužalojimas, infekcija ar liga. Dažniausiai pasitaikantys sąnarių pažeidimai atsiranda dėl pasikartojančio sąnario naudojimo arba sąnario hipertenzijos. Ligos, kurios gali sukelti vaikų sąnarių skausmą, yra nepilnamečių reumatoidinis artritas, celiakija ir osteochondritas. Reumatas, Laimo liga ir osteomielitas yra infekcijos, kurios taip pat gali sukelti sąnarių skausmą.
Trumpalaikis ar greitas vaikų sąnarių skausmas dažniausiai yra traumos, o ne ligos pasekmė. Pasikartojantys judesiai, dažnai reikalingi sportuojant, arba lankstaus, jauno sąnario ištempimas yra dažnos traumos formos, sukeliančios sąnarių skausmą. Jei skausmas sumažėja arba išnyksta po neveiklumo laikotarpio, greičiausiai sužalojimas buvo skausmo priežastis.
Kai sąnarių skausmas yra lėtinis ir nemažėja pailsėjus, vaikų sąnarių skausmo priežastis gali būti infekcija. Labiausiai tikėtina infekcija yra reumatas. Reumatinė karštligė kartais pasireiškia maždaug 20 dienų po STREP ar skarlatina infekcijos ir yra susijusi su sąnarių skausmu ir patinimu, kartu su karščiavimu, dusuliu ir krūtinės bei skrandžio skausmais.
Užsikrėtusios elnių erkės gali pernešti Laimo ligą, kuri ilgainiui gali sukelti sąnarių skausmą. Laimo liga iš pradžių gali sukelti tik nedidelį odos bėrimą, kuriam būdingas rausvas plotas, apsuptas tamsesnės raudonos spalvos. Praėjus kelioms dienoms ar savaitėms po įkandimo, atsiranda sąnarių skausmas, sustingimas ir bendri į gripą panašūs simptomai.
Osteomielitas yra kaulų infekcija. Rečiau nei anksčiau paminėtos infekcijos, tačiau tai gali sukelti ir sąnarių skausmą vaikystėje. Kaulų infekcija gali atsirasti, kai krauju plintanti infekcija nukeliauja į kaulą, užkrėsta durtinė žaizda išplinta į kaulą arba bakterijos patenka į kaulą per sudėtinį lūžį.
Kai diskomfortas, susijęs su vaikystės sąnarių skausmu, neišnyksta dėl neveiklumo arba dažnai atsiranda ir praeina laikui bėgant, tai dažnai yra ligos pasekmė. Labiausiai tikėtina liga yra reumatoidinis artritas. Vaikų reumatoidiniam artritui paprastai būdingas sąnarių skausmas ir sustingimas, trukdantis vaikui judėti.
Vaikų sąnarių skausmą kartais gali sukelti celiakija. Celiakija yra autoimuninė liga, kai suvalgius glitimo sukelia imuninis atsakas prieš virškinimo sistemą. Liga ilgainiui pažeidžia žarnyno gebėjimą tinkamai įsisavinti maistą. Sąnarių skausmas yra susijęs simptomas, o sąnarių skausmas gali būti uždegimo dėl imuninio atsako organizme rezultatas.
Osteochondritas, ortopedinė būklė, kuriai būdingas greitas kaulų augimas, yra dar viena liga, sukelianti vaikų sąnarių skausmą. Pagreitėjusio kaulo augimo pasekmė yra kremzlės aprūpinimo krauju sutrikimas, dėl kurio kaulas miršta, o vėliau atauga. Manoma, kad šis kaulų žūties ir ataugimo ciklas yra susijusio sąnarių skausmo priežastis.