Žmogaus virškinamajame trakte randama daugybė bakterijų rūšių. Kai kurios yra virškinimo bakterijos, kurios padeda virškinimo procesui ir padeda užtikrinti gerą sveikatą. Kitų tipų bakterijos gali apsigyventi virškinamajame trakte ir sukelti sveikatos problemų. Tarp virškinamajame trakte randamų bakterijų tipų yra Lactobacillus, Bifidobacterium ir Escherichia.
Lactobacillus acidophilus yra bakterijų rūšis, gyvenanti žmogaus plonojoje žarnoje. Tai laikoma naudinga bakterijų rūšimi dėl kelių priežasčių. Šios bakterijos sintetina vitaminą K ir turi galimybę metabolizuoti laktozę, kuri yra pieno produktuose esanti cukraus rūšis. Taip pat gamina medžiagas, kurios neleidžia virškinamajame trakte augti ir daugintis kenksmingoms bakterijoms. Jei žmogaus virškinamajame trakte šių bakterijų neužtenka, gali sutrikti virškinimas.
Dažnai žmonės sutelkia dėmesį į Lactobacillus acidophilus gebėjimą pakenkti kenksmingų bakterijų augimui. Tačiau šios virškinimo bakterijos taip pat padeda organizmui gaminti B grupės vitaminus. Taip pat teigiama, kad bakterijos padeda palaikyti normalų cholesterolio kiekį.
Bifidobacterium yra dar viena draugiškų bakterijų rūšis, randama žmogaus virškinamajame trakte. Jis gyvena žmogaus storojoje žarnoje ir atlieka svarbų vaidmenį saugant organizmą nuo kai kurių rūšių mielių ir bakterijų, kurios yra žalingos, o ne naudingos. Ši bakterija gali trukdyti bakterijoms, kurios uždega žarnyną ir sukelia sergančiojo viduriavimą. Jis veikia slopindamas bakterijų gebėjimą augti. Tai taip pat gali padėti organizmui gaminti vitaminą B.
Streptococcus thermophilus yra virškinimo bakterija, kuri padeda organizmui gaminti laktozės fermentus. Šie fermentai svarbūs pieno produktų virškinimui. Ši bakterija taip pat padeda apsaugoti žmogaus virškinamojo trakto gleivinę, kai pienas ir pieno produktai patenka į virškinimo procesą. Tiesą sakant, ši bakterija netgi padeda žmonėms išvengti nemalonių laktozės netoleravimo simptomų.
Daugelis žmonių yra girdėję apie Escherichia coli, kuri paprastai sutrumpintai vadinama E. coli. Šio tipo bakterijos dažnai būna kaltininkės, kai kas nors suserga virškinimo ligomis, pvz., sukelia vėmimą ir viduriavimą. Tačiau Escherichia coli yra visa bakterijų grupė, o kai kurios iš jų yra draugiškos. Kai kurios šios virškinimą skatinančios bakterijos padeda organizmui virškinti augalinį maistą. Kai kurie taip pat padeda organizmui gaminti vitaminą K.