Negydoma gonorėja gali sukelti rimtų medicininių komplikacijų vyrams ir moterims, įskaitant nevaisingumą. Kuo pažengęs paciento gonorėjos atvejis, tuo didesnė tikimybė, kad pacientas patirs reikšmingų komplikacijų. Kadangi gonorėja ne visada sukelia simptomus, lytiškai aktyviems žmonėms patartina reguliariai tikrintis dėl lytiškai plintančių infekcijų (LPI), kad būtų galima anksti nustatyti tokias infekcijas kaip gonorėja, kad būtų galima jas gydyti, kol nesukelia rimtų problemų. Paprastai pakanka antibiotikų kurso, kad būtų sunaikinti šią infekciją sukeliantys organizmai.
Vienas iš dažniausių moterų negydomos gonorėjos pasekmių yra būklė, vadinama dubens uždegimine liga, kurią sukelia lėtinis, plačiai paplitęs dubens struktūrų uždegimas. Ši būklė gali sukelti skausmingas menstruacijas, persileidimą, nevaisingumą ir negimdinį nėštumą, kai apvaisintas kiaušinėlis implantuojamas į kiaušintakį, o ne į gimdą. Vyrai gali patirti panašų prostatos, šlaplės ir kitų struktūrų aplink genitalijas uždegimą.
Taip pat gonorėja gali keliauti per kūną krauju. Pacientai gali patirti retą būklę, vadinamą perihepatitu, kai uždegimas aplink kepenis yra maišelis. Jie taip pat gali išsivystyti išplitusi gonokokinė infekcija (DGI), taip pat žinoma kaip gonokokinis artritas, kai infekcija plinta į tokias struktūras kaip sąnariai, širdis ir smegenys. Šios sąlygos gali sukelti pacientui mirtinų komplikacijų.
Pacientams, sergantiems negydyta gonorėja, taip pat yra didesnė rizika užsikrėsti žmogaus imunodeficito virusu (ŽIV). Organizmai taip pat gali užkrėsti akis, sukeldami konjunktyvitą ir kitas problemas. Nėščios moterys gimdymo metu gali susirgti gonorėja. Tai gali sukelti kūdikio aklumą ir DGI riziką. Profilaktinė priežiūra gali būti teikiama gimdymo ir gimdymo metu, siekiant sumažinti gonorėjos perdavimo vaikui riziką.
Prasidėjus negydomos gonorėjos komplikacijoms, ją gydyti gali būti daug sunkiau. Nors antibiotikai gali nužudyti organizmus, uždegimo ir infekcijų sukeltą žalą nėra taip lengva ištaisyti. Pacientai gali patirti lėtinių sveikatos problemų, įskaitant nevaisingumą. Aktyvus požiūris į seksualinę sveikatą gali labai sumažinti nuolatinių medicininių komplikacijų dėl negydomos gonorėjos riziką, nes užkrečiama infekcija dar nespėjus išplisti. Saugesnio sekso praktika taip pat padės sumažinti tikimybę užsikrėsti lytiškai plintančiomis infekcijomis. Tai svarbu, nes ne visas LPI galima gydyti taip lengvai, kaip gonorėją.