Sąnariai gali tapti jautrūs ar skaudėti dėl įvairių priežasčių, o sąnarių skausmas naktį gali atsirasti dėl tų pačių skausmo priežasčių dieną arba dėl atskiros būklės. Gali būti fibromialgija, kaip ir neramių kojų sindromas (RLS). Sąnario sužalojimai taip pat gali sukelti skausmą naktį, kaip ir tokios ligos kaip artritas. Dažnai sąnariai gali uždegti naktį, ypač moterims menopauzėje arba prieš menopauzę. Tai iš dalies gali lemti dieta, mankštos įpročiai ar miego įpročiai. Teisingai diagnozei dažnai reikia apsilankyti pas medicinos specialistą.
Fibromialgija yra būklė, kai įvairios kūno dalys tampa itin jautrios spaudimui, o tai savo ruožtu sukelia skausmingus pojūčius įvairiose kūno vietose. Sąnarių skausmas naktį gali būti šios būklės pasekmė, o kiti simptomai, tokie kaip miego sutrikimai, dažnai lydi skausmą. Fibromialgija nėra išgydoma, o gydymas paprastai yra skirtas simptomams valdyti, kad būtų sumažintas būklės stresas. Priežastys svyruoja nuo genetinio polinkio iki didelio streso, o pastaruoju atveju būklė gali išsisklaidyti arba išnykti, jei kasdienė rutina pakeičiama siekiant sumažinti stresą. Tai savo ruožtu sumažins arba pašalins sąnarių skausmą.
Traumos taip pat gali sukelti sąnarių skausmą naktį. Tiesioginė trauma gali pažeisti raiščius arba sąnario kaulus. Tai, kas gali atrodyti kaip nedidelis sužalojimas, gali atrodyti skausmingesnis naktį, nes gali atsirasti patinimas ir uždegimas, jei sužalojimas negydomas. Pažeistos vietos apledėjimas gali padėti sumažinti patinimą ir mėlynes, palengvinti skausmą. Tokiu atveju skausmui malšinti dažnai pakanka kelių dienų pailsinti sąnarį ir vartoti nereceptinius vaistus.
Neramių kojų sindromas yra būklė, kai sergantysis jaučia beveik nuolatinį poreikį judinti kojas, kad sumažintų tam tikrą diskomfortą, ypač ramybės būsenoje. Tai gali sukelti kojų pervargimą ir sukelti sąnarių skausmą. RLS taip pat dažnai lydi kiti simptomai, pavyzdžiui, nemiga. Kadangi sąnariai per daug apkraunami, raiščiai ir raumenys linkę įtempti. Vaistai gali padėti sumažinti RLS simptomus, o visapusiškas gydymas apima būklės priežasties nustatymą.
Kitos sąlygos, tokios kaip artritas, gali sukelti sąnarių skausmą dieną ar naktį. Artritas atsiranda, kai sąnario kremzlė pradeda irti, todėl kaulas gali trintis į kaulą arba nervų galūnes. Dėl to gali atsirasti kaulų ataugų, o tai gali sukelti dar didesnį skausmą. Artritas paprastai valdomas vaistais, tempimu ir švelniu pratimu.