Yra įvairių problemų, kurios dažniausiai sukelia naktinį kojų skausmą. Raumenų mėšlungis gali atsirasti dėl hormoninių pokyčių, maistinių medžiagų trūkumo ar dehidratacijos. Neramių kojų sindromas arba RLS gali sukelti diskomfortą ar skausmą, kai žmogus ilsisi, todėl dažnai tai yra problema prieš miegą. Yra žinoma, kad tam tikros ligos, tokios kaip fibromialgija, dažnai sukelia kojų skausmą naktį. Kai kurios kitos galimos priežastys yra diabetinė neuropatija, kraujo krešuliai kojose arba tiesiog per didelis kojų krūvis.
Viena dažniausių naktinio kojų skausmo priežasčių yra šlaunų ar blauzdų raumenų mėšlungis, kartais vadinamas Čarlio arkliu. Žmonės gali patirti tokio tipo mėšlungį dėl įvairių priežasčių. Dėl dehidratacijos raumenys gali susitraukti arba mėšlungis gali atsirasti dėl kalio, magnio ar kalcio trūkumo maiste. Taip pat gali būti kalti hormonų svyravimai; nėščios moterys dažnai nuo jo kenčia, ypač antrąjį trimestrą, taip pat moterys, kurioms yra menstruacijos. Skausmas kojose naktį taip pat gali būti kai kurių vaistų šalutinis poveikis.
Neramių kojų sindromas taip pat gali sukelti kojų skausmą naktį. Tai būklė, kai pacientas gali jausti įvairius pojūčius, įskaitant skausmą, mėšlungį ar deginimą kojose. Kadangi judant kojas šie pojūčiai palengvėja, pacientai dažniausiai kenčia labiausiai naktį gulėdami.
Naktinis kojų skausmas taip pat dažnai gali būti įvairių ligų ar sutrikimų pasekmė. Gali būti kalta fibromialgija, būklė, kuriai būdingas lėtinis skausmas, standumas ir jautrumas spaudimui. Sergantieji Adisono liga, sukeliančia antinksčių nepakankamumą, ir Parkinsono liga, pažeidžiančia centrinę nervų sistemą, kartais naktimis jaučia kojų skausmą. Artritas ir Plica sindromas gali sukelti skausmą keliuose ir aplink juos.
Įvairios kitos problemos taip pat dažnai gali sukelti naktinį kojų skausmą. Pacientai, sergantys cukriniu diabetu, gali jausti skausmą naktį dėl diabetinės neuropatijos arba kojų nervų pažeidimo. Žmonėms, neseniai patyrusiems širdies priepuolį ar insultą, kojose gali atsirasti skausmingų krešulių, vadinamų giliųjų venų tromboze. Kremzlės, raiščių ar sausgyslių, kurios palaiko kelius, sužalojimai gali būti skausmingesni prieš miegą. Kartais kojų skausmas yra tiesiog per didelio krūvio, pavyzdžiui, sunkaus fizinio krūvio ar ilgo stovėjimo, rezultatas.