Fagotas ir obojus yra dvigubi nendriniai pučiamieji instrumentai, tačiau jie turi keletą reikšmingų skirtumų, kurie juos skiria vienas nuo kito. Kai kurie skirtumai, kurie iš karto pastebimi žiūrint į du instrumentus, yra jų dydis, forma ir kandiklio vieta. Fagotas ir obojus taip pat turi skirtingus garsus, fagotas groja daug žemesniu registru nei obojus. Nors studentiškos abiejų instrumentų versijos dažnai gaminamos iš patvaraus dervos plastiko, aukštesnės kokybės modeliai patyrusiems muzikantams gaminami iš skirtingų medienos rūšių. Abiejų instrumentų klavišų sistemos taip pat labai skiriasi, taip pat jų laikymo būdas.
Nagrinėjant greta, iškart išryškėja keli fagoto ir obojaus skirtumai. Bendra kiekvieno instrumento išvaizda yra savita. Fagotas yra daug didesnis nei obojus ir pagamintas iš maždaug 7–8 pėdų (apie 2.13–2.44 metro) vamzdžio, kuris sulenktas nelygios U formos. Trumpesnė, siauresnė pusė yra ta vieta, kur užkabinamas kandiklis pritvirtintas maždaug iki pusės instrumento ilgio; kitas galas yra daug platesnis ir tęsiasi už kandiklio. Obojus pagamintas iš vieno, tiesaus ilgio vamzdelio, kuris apačioje šiek tiek išsiskleidžia varpelio pavidalu, o viršuje yra pritvirtintas kandiklis ir nendrė.
Ir fagotas, ir obojus skleidžia garsą, kai muzikantas pučia orą į dvigubą nendrę, sukeldamas vibraciją, kuri rezonuoja vamzdelio viduje. Kiekvienas instrumentas turi tam tikrą garsą ir diapazoną. Fagotas gali groti labai žemu registru, su žemiausiu garsu iš medinių pučiamųjų instrumentų grupės, išskyrus didesnį kontrafagotą. Obojus gali groti aukštesnėmis natomis, o jo skambesys buvo lyginamas su anties, o jo tonas yra labai aiškus, kurį lengva atskirti tarp kitų orkestro instrumentų. Abu instrumentai pasižymi išraiškingumu.
Abiejų instrumentų studentiškos versijos dažniausiai gaminamos iš dervos plastiko, nes jis yra patvarus. Kokybiškesnį instrumentą dažniausiai renkasi labiau patyrę muzikantai. Fagotas ir obojus dažniausiai gaminami iš skirtingų medienos rūšių. Fagotas dažnai gaminamas iš klevo, nors gali būti pagamintas ir iš kitų vidutinio kietumo medienos rūšių. Obojus dažniausiai gaminamas iš medžio, žinomo kaip Afrikos juodmedis arba grenadilė.
Kiekvienas instrumentas turi skirtingą klavišų sistemą. Klavišai kartu su pirštais naudojami instrumento vamzdeliuose esančioms skylėms uždengti, kad būtų sukurtos konkrečios natos. Fagote yra mažiau klavišų, o obojuje yra palyginti daug klavišų, kuriuose yra maždaug 45 sudėtingi klavišų kūriniai.
Fagotas ir obojus taip pat laikomi skirtingai. Dėl savo dydžio fagotas laikomas prie muzikanto šono, dažnai su papildoma atrama, tokia kaip kėdė ar kaklo dirželis. Muzikantas paprastai gali laikyti obojų priešais savo kūną, nes jis yra daug mažesnis.