Struktūrinis deficitas yra valdžios sektoriaus deficitas, nepriklausomas nuo verslo ciklo – jis išlieka net tada, kai ekonomika išnaudoja visą savo potencialą. Tai sukuriama, kai vyriausybė išleidžia daugiau, nei gali atnešti ilgalaikis mokesčių pajamų vidurkis. Biudžeto komponentas, kuris priklauso nuo verslo ciklo atoslūgių ir srautų, vadinamas cikliniu deficitu. Ekonomistai paprastai teigia, kad struktūrinis deficitas yra daug rimtesnis nei ciklinis deficitas, nes jis reiškia netvarias išlaidas.
Deficitas atsiranda tada, kai vyriausybės mokestinės pajamos nevisiškai padengia jos išlaidas. Nuosmukio metu ciklinis deficito komponentas paprastai didėja dėl kelių priežasčių. Pirma, recesija reiškia, kad šalies grynosios pajamos nukrito žemiau potencialo, todėl apmokestinamųjų pajamų suma bus mažesnė nei vidutinė. Antra, vyriausybės linkusios mažinti mokesčių tarifus nuosmukio metu, kad paskatintų ekonomiką. Trečia, išlaidos socialinėms programoms, tokioms kaip gerovė, Medicaid ir maisto kuponai, taip pat linkusios didėti recesijos metu.
Keinso ekonomika, įtakinga ekonomikos teorija, pasisako už ciklinį deficitą, kai tai gali pagreitinti atsigavimą po nuosmukio. Tačiau perimti didelį struktūrinį deficitą paprastai nelaikoma pageidautina strategija, nes ji išlieka net tada, kai ekonomikoje yra visiškas užimtumas. Visiškas užimtumas tikroje šalyje niekada nepasiekiamas, tačiau tai gali būti naudinga ekonominiame modelyje, siekiant parodyti viršutinę gyventojų pajamų generavimo potencialo ribą.
Investicijos yra vienas iš struktūrinio deficito priežasčių. Šalys investuoja į savo ateitį panašiai kaip ir asmenys. Jei manoma, kad investicijos atsipirkimas yra vertas reikalingos skolos, tada vyriausybės skolinasi pinigus ir prisiima struktūrinį deficitą. Dažnas to pavyzdys yra investicijos į infrastruktūrą, pavyzdžiui, kelius ir geležinkelius. Nors šie projektai yra brangūs, jie sukuria darbo vietų ir gali būti naudojami daugelį metų.
Pavyzdžiui, Jungtinių Valstijų (JAV) struktūrinis deficitas per pastaruosius dešimtmečius labai išaugo ir yra prieštaringas klausimas JAV politikoje. Politikai retai sutaria, ar dėl konkrečios iniciatyvos verta užsitraukti ilgalaikių skolų. Viena vertus, tam tikros investicijos gali padidinti saugumą ir gerovę ateinančiais metais. Kita vertus, būsimi mokesčių mokėtojai susidurs su skolomis ir palūkanų mokesčiais, atsirandančiais dėl struktūrinio deficito. Nors tokio tipo deficitas gali būti prasmingas tam tikrose situacijose, pvz., gresiančioje nacionalinio saugumo krizėje, ekonomistai paprastai įspėja, kad jis nėra.