Pelėsiai gali augti vietose, kur yra drėgmės ir maisto šaltinio. Pelėsių valymo metodai priklauso nuo kelių veiksnių, tokių kaip užkrėtimo sunkumas ir vieta, turimi įrankiai ir valikliai, paviršiaus, ant kurio auga pelėsis, tipo ir nuo to, kaip žmogui patogu valyti pelėsį. Pelėsių šveitimui naudojamas ploviklio ir vandens arba baliklio ir vandens tirpalas yra vienas iš pelėsių valymo būdų. Didelės energijos kietųjų dalelių oro (HEPA) vakuumo naudojimas pelėsių sporoms pašalinti iš oro yra dar vienas būdas išvalyti pelėsius.
Pelėsius, augančius ant akytų paviršių, tokių kaip lubų plytelės, kilimas ar gipso kartonas, paprastai sunku išvalyti. Išvalyti pelėsio ant šių paviršių praktiškai neįmanoma, nes pelėsis įauga į porėtą paviršių. Pašalinti pelėsį ir jo sporas nuo šių paviršių gali būti sunku, todėl pakeitimas yra daug geresnis veiksmas.
Pelėsių valymas paprastai yra efektyvesnis, jei pelėsis auga ant kieto paviršiaus, pavyzdžiui, grindų plytelių, stiklo pluošto vonios ar lango. Dėl nedidelių pelėsinių dėmių pažeistą vietą reikia apipurkšti pusiau švelnaus ploviklio be amoniako ir pusės vandens tirpalu, tada šveisti, kol pelėsis išnyks. Tada plotas turi būti visiškai išdžiovintas. Sausintuvo, ventiliatoriaus arba oro iš atviro lango naudojimas gali pagreitinti džiovinimo procesą.
Valant pelėsį didesniame plote, reikia imtis keleto papildomų veiksmų, kad būtų saugu ir būtų pašalintos visos pelėsių ir pelėsių sporos. Vieta turėtų būti kuo geriau užsandarinta plastikine juostele, užklijuota aplink duris ir langus. Pelėsiui valyti gali būti naudojamas ploviklio ir vandens tirpalas arba labiau pageidautinas baliklio ir vandens tirpalas. Baliklio tirpalas, pagamintas iš aštuonių uncijų (0.24 litro) baliklio, įpilto į vieną galoną (3.8 litro) vandens, paprastai dezinfekuoja vietą geriau nei vien ploviklis ir vanduo.
Pažeistas vietas reikia apipurkšti tirpalu ir nuvalyti. Jei naudojamas baliklis, tirpalui reikia leisti nusistovėti 15 minučių. Išvalius visas vietas nuo matomo pelėsio ir išdžiūvus, sporas iš patalpos oro reikia pašalinti naudojant HEPA vakuumą. Iš oro pašalinus visas sporas ir nuvalius pelėsį nuo visų paviršių, patalpą galima vėl atidaryti. Oro cirkuliavimas per pelėsių linkusią vietą gali padėti užkirsti kelią tolesniam augimui.