Paukštienos mėšlo naudojimas trąšoms turi daug privalumų ir keletą trūkumų. Paukščių mėšle yra daugiau iš trijų trąšoms reikalingų komponentų – azoto, fosforo ir kalio – nei kitų gyvūnų mėšle. Mėšlo, o ne komercinių trąšų naudojimas gali turėti naudos aplinkai ir gali būti pigesnis, ypač jei naminių paukščių mėšlas yra lengvai prieinamas rinkimui. Paukščių mėšlo naudojimas reikalauja daug darbo jėgos nei komercinių trąšų pirkimas. Taip pat gali būti tam tikra tikimybė užteršti daržoves mėšlu, jei nesilaikoma tinkamų procesų ir jei produktai nėra kruopščiai nuplauti prieš valgant.
Vienas iš paukščių mėšlo naudojimo trąšoms privalumų yra ir vieno iš trūkumų priežastis. Paukščių mėšle yra daug azoto, kurio reikia augalams augti. Tačiau azoto lygis naminių paukščių mėšle yra toks didelis, kad mėšlas turi būti apdorotas, kad jį būtų galima naudoti augalams. Jei šviežias paukštienos mėšlas dedamas tiesiai ant augalų, azoto kiekis yra toks didelis, kad paukštienos mėšlas gali sudeginti augalus ir netgi juos nužudyti. Tai reiškia, kad paukščių mėšlo naudojimas kaip trąša yra daug intensyvesnis nei komercinių trąšų ar net kai kurių kitų rūšių gyvulių mėšlo naudojimas trąšoms.
Azoto kiekis reiškia, kad naminių paukščių mėšlas turi būti kompostuojamas arba brandinamas prieš naudojant augalus. Šis procesas padidina azoto lygį iki tokio lygio, kad augalai gali jį panaudoti nepakenkdami augalams. Kompostavimo procese paukštienos kraikas, įskaitant mėšlą, šešis–dvylikai mėnesių dedamas į kompostavimo dėžę. Per tą laiką jį reikia periodiškai laistyti ir apversti. Užbaigus kompostavimo procesą, kompostas paskirstomas po sodą, o augalams klestėti padeda natūralios trąšos.
Kompostuotas paukštienos mėšlas, skirtas trąšoms, greičiausiai padidins anglies kiekį dirvožemyje, gali padėti sumažinti dirvožemio eroziją ir sumažinti nitratų išplovimą iš dirvožemio. Nitratai yra būtini augalams augti. Nitratų išplovimas reiškia, kad dirvoje esantys nitratai pašalinami iš augalų, kai vanduo juda per šaknis.
Rizika užteršti produkciją naudojant paukščių mėšlą kaip trąšą yra nedidelė, ypač jei mėšlas yra kompostuojamas. Siekiant dar labiau sumažinti šią riziką, naminių paukščių mėšlu, skirtu trąšoms, augalus reikia išberti likus mažiausiai dviem mėnesiams iki maisto derliaus nuėmimo. Taip pat svarbu, kad maistas, užaugintas mėšlo trąšomis, prieš patiekiant būtų kruopščiai nuplautas.