Bonsų laistymas yra subtilus menas. Deja, nėra patikimo bonsų laistymo metodo, kurį būtų galima naudoti sveikiems augalams. Kiekvienas bonsas yra skirtingas, jo poreikiai gali skirtis priklausomai nuo medžio, metų laiko, sodinimo terpės ir paties vazono. Gali prireikti bandymų ir klaidų, kad sužinotume apie konkretaus bonso pomėgius, o daugelis ekspertų pasakoja apie vargą dėl bonsų, kuriuos jie netyčia nužudė, kai tik pradėjo.
Pirmas dalykas, į kurį reikia atsižvelgti laistant bonsus, yra nurodytas medžio vandens poreikis. Pavyzdžiui, kai kurie medžiai mėgsta sausas sąlygas, o kiti gali mėgti drėgną dirvą arba gali būti drėgni ir drėgni, palyginti su sausa dirva. Vazone šie poreikiai ypač komplikuojasi, nes gamtoje medis gali kontroliuoti vandens pasisavinimo kiekį, atitinkamai išskleidęs savo šaknis ir prisitaikydamas prie aplinkos. Bonsų vazonėlyje medis yra kultivatoriaus malonėje, vadinasi, žmonės turi būti dėmesingi laistant bonsus.
Paprastai bonsai laistomi, kai medis yra sausas. Daugelis žmonių gali pasakyti, ar bonsai yra išdžiūvę, ar ne, tik pažiūrėję į jį, nes pasikeis dirvožemio spalva ir tekstūra. Sodininkai kartais taip pat gali pasakyti pakeldami vazoną ir pajutę svorio pasikeitimą; mažiau patirties turintiems asmenims pirštą galima įkišti į dirvą, kad būtų galima nustatyti, ar viršutinė dalis yra sausa, ar ne. Bonsai džiūsta skirtingu greičiu, priklausomai nuo santykinės drėgmės ir temperatūros, todėl žmonės neturėtų tikėtis laistymo pagal grafiką.
Jei augalas yra sausas, jį geriausia laistyti ryte. Yra įvairių rekomendacijų dėl laistymo metodo. Kai kurie žmonės siūlo laistyti bonsus dviejų ciklų sistema. Pirmojo rato metu laistytuvu galima šlakstyti vandenį ant puodo, kol pradės sunktis drenažo angos. Tada prieš antrą laistymo ciklą augalui reikia leisti pailsėti 15–20 minučių. Kiti rekomenduoja bonsus laistyti tris kartus: „vieną kartą vazonui, vieną kartą žemei ir vieną kartą medžiui“. Žmonės turėtų atkreipti dėmesį į tai, kaip konkretus bonsas prisitaiko prie laistymo praktikos, ir atitinkamai pakoreguoti. Pavyzdžiui, kai kurie augalai mėgsta būti laistomi du kartus per dieną, o kiti gali likti be vandens savaitę ar ilgiau.
Laistant bonsą, svarbu, kad vanduo nepatektų ant lapų ir žiedų, nes tai gali pakenkti, jei tai vyksta reguliariai. Tačiau augalai periodiškai vertina, kad jie yra purškiami arba švelniai purškiami, kad pašalintų dulkes nuo lapų.
Kai bonsai negauna pakankamai vandens, jie linkę vystytis nudžiūvusiais ir gelstančiais lapais, o žydėjimas ir lapų slinkimas gali būti slopinamas. Medžiai, gaunantys per daug vandens, gali nusvirsti, pageltonuoti arba ruduoti, o jei įsiveis šaknų puvinys, jie gali pradėti nykti į šoną. Bonsai priežiūrą gali apsunkinti ir vazono perkėlimas ar persodinimas; Abu šie įvykiai gali šokiruoti medį ir sukelti jo reakciją numetant lapus arba pageltant.