Šikšnosparniai yra naudingi gyvūnai, tačiau jie gali sukelti didelių problemų, kai persikelia į namus. Liga yra didelis pavojus užsikrėsti šikšnosparniais, įskaitant histoplazmozę įkvėpus jų atliekas, žinomas kaip guanas, ir pasiutligės riziką dirbant su užkrėstais šikšnosparniais. Šikšnosparnių pašalinimą ir valymą turi atlikti ekspertas. Yra būdų, kaip namų savininkai gali užkirsti kelią pradinei šikšnosparnių kolonizacijai ar būsimiems užkrėtimams.
Mažiau nei vienas procentas šikšnosparnių populiacijos yra pasiutligės viruso nešiotojas. Reikėtų vengti bet kokio kontakto su šikšnosparniais, nes pasiutę šikšnosparniai ne visada elgiasi neįprastai. Histoplazmozė yra plaučių liga, kurią sukelia kvėpavimas grybeliu, esančiu šikšnosparnių ar paukščių išmatose. Šikšnosparnio guanas ir šlapimas taip pat gali sukelti struktūrinę žalą namams. Šikšnosparnis, rastas patalpose, tikriausiai reiškia, kad šikšnosparnis turės būti pašalintas.
Namų savininkai, namuose radę šikšnosparnį, labai raginami jo neliesti plikomis rankomis. Sunkios odinės pirštinės apsaugos nuo įkandimų. Ant šikšnosparnio galima švelniai užmesti tinklelį arba rankšluostį, kad jį užfiksuotumėte. Jei jis yra ant užuolaidos ar kito vertikalaus paviršiaus, ant šikšnosparnio galima uždėti dėžutę arba uždėti plokščią lentą ar kartono gabalą po juo. Vietinis sveikatos skyrius arba gyvūnų kontrolė gali padėti pateikti šikšnosparnį pasiutligės tyrimui.
Kadangi daugelis šikšnosparnių rūšių yra saugomos, naikinimas daugelyje sričių yra neteisėtas. Šikšnosparnių pašalinimas geriausiai pasiekiamas išskiriant, todėl reikėtų vengti gegužės–rugpjūčio mėn., kai gali būti jauniklių, negalinčių skristi. Pirmiausia ekspertas nuodugniai apžiūrės konstrukciją, kad pamatytų, kur šikšnosparniai patenka ir išeina. Šikšnosparniai gali prasiskverbti pro 1/2 colio (1.27 cm) angas, todėl patikrinimas turi apimti visus pastato frontonus, orlaides ir iškyšas.
Nustačius prieinamas angas, gali būti sumontuoti vienpusiai atvartai, pagaminti iš plastiko arba tinklelio, leidžiantys šikšnosparniams išeiti, bet nebeįeiti. Kai šikšnosparnis pašalinamas, prietaisus galima nuimti ir angas užsandarinti. Tada gali prasidėti guano ištaisymas ir bet kokios šikšnosparnių padarytos žalos taisymas. Draudimas gali apimti valymo ir pašalinimo procesą, nes gyvūnai nėra graužikai.
Reguliari konstrukcijos priežiūra, siekiant nustatyti mažas skylutes ir plyšius, į kuriuos gali patekti šikšnosparniai, padės išvengti jų sugrįžimo. Gable ventiliacijos angos gali būti užblokuotos vieliniu tinklu, o visi įtrūkimai turi būti užsandarinti sandarikliu. Sėkmingai pašalinus šikšnosparnį, kieme gali būti įrengtas šikšnosparnių namelis, jei namų savininkai nori laikyti gyvūnus šalia jų, kad galėtų kontroliuoti vabzdžius.