Įvairūs farmacinės kokybės kontrolės metodai apima, bet tuo neapsiribojant, vyriausybinių agentūrų atliekamus patikrinimus, išsamios standartinės veiklos procedūros (SOP) parengimą ir jos laikymąsi bei periodinį produktų surinkimą ir bandymą, kurį atlieka įmonės darbuotojai. Farmacijos įmonių patalpų apžiūra ir išorės agentūrų atliekami produktų tyrimai yra vieni geriausių kokybės kontrolės metodų. Farmacinės kokybės kontrolė apima patalpų švaros, laboratorinės įrangos kalibravimo ir efektyvumo užtikrinimą, darbuotojų procedūrų laikymąsi ir ingredientų grynumo laipsnį.
Vienas paplitęs farmacinės kokybės kontrolės metodas yra dujų chromatografijos masės spektrometrija. Dujų chromatografijos masės spektrometrija apima mišinio, pvz., vaisto ar vaisto, cheminę analizę, kurios metu identifikuojamas ir parodomas kiekvienos vaiste esančios medžiagos unikalus parašas ir kiekis. Šis bandymas tiksliai parodys konkrečių cheminių medžiagų, esančių gaminyje, kiekį. Nors tai tik vienas iš skirtingų farmacinės kokybės kontrolės metodų, dujų chromatografinė masės spektrometrija yra labai tiksli ir gana paprasta atlikti.
Įmonėms, gaminančioms vaistus, skirtus parduoti ir platinti Jungtinėse Valstijose, taikomos griežtos taisyklės ir procedūros, kurias vykdo Maisto ir vaistų administracija (FDA). Įmonės privalo registruoti ir nurodyti kiekvieną komercinio platinimo veikliąją farmacinę medžiagą. Be to, FDA reikalauja, kad farmacijos įmonės kontroliuotų ir stebėtų visas galimas produkto užteršimo mikrobinėmis ir cheminėmis priemonėmis SOP.
Darbuotojai, dirbantys vaistų gamybos srityje, turi žinoti nustatytas laboratorijos gaires ir jų laikytis, kaip aiškiai išdėstyta SOP. Vienas iš svarbiausių iš jų – kruopštus dėmesys laboratorinių įrašų ir žurnalų tvarkymui. Šie žurnalai yra kruopščiai tikrinami patikrinimų metu. Tikimasi, kad darbuotojai išmanys visas analitines procedūras ir tiksliai jas atliks. Rankų plovimas ir laboratorinių prijuosčių bei pirštinių naudojimas būtų tipinės procedūros, kurių darbuotojai turėtų laikytis, kad užtikrintų kokybės kontrolę.
Nors daugelis farmacijos įmonių taiko aukštus kokybės kontrolės standartus ir deda visas pastangas, kad tiektų išskirtinį produktą, taip yra ne visada. Vaistų gamintojo sąžiningumas nėra garantija, o padirbti vaistai gaminami ir juos pavyksta parduoti patikimose vaistinėse. Inspektoriai dažnai būna atsilikę ir nesilanko įmonėje ištisus mėnesius, o pažeidimus padariusioms įmonėms paprastai skiriamos baudos ir įspėjimai prieš verčiant užsidaryti. Niekada neskauda pasiteirauti savo vaistininko, iš kurių vaistų kompanijų jie užsako, ir prieš pirkdami vaistą šiek tiek ištirti tų įmonių reputaciją.