Paprastumo dėlei vyrų reprodukcinę sistemą galima suskirstyti į vidines ir išorines dalis. Išoriškai sistema susideda iš varpos ir kapšelio. Kapšelyje yra sėklidės, antsėklidė ir vans deferens. Kitos vidinės vyrų reprodukcinės sistemos dalys yra prostatos liauka, bulbouretrinės liaukos ir šlaplė.
Varpa yra viena iš labiausiai atpažįstamų vyrų reprodukcinės sistemos dalių ir turi dvi pagrindines dalis. Glans, arba varpos galvutė, yra dalis, kuri, kaip manoma, labai prisideda prie seksualinės patirties, ir joje yra šlapimo kanalas, kuris yra anga, leidžianti šlapimui ir spermai išeiti iš kūno. Antroji varpos dalis yra kotas, kuris yra cilindrinė varpos dalis, kuri sustingsta ir pailgėja seksualinio susijaudinimo metu.
Žemiau varpos yra į maišelį panaši struktūra, vadinama kapšeliu. Jame yra dvi ovalo formos dalys, žinomos kaip sėklidės, kurios yra atsakingos už spermos gamybą ir saugojimą bei testosterono gamybą. Kapšelyje taip pat yra prielipo ir vans deferens, kurie veikia kaip vyrų reprodukcinės sistemos vamzdynas. Kita svarbi kapšelio funkcija yra ta, kad išsiplėsdamas ir susitraukdamas jis padeda reguliuoti sėklidžių temperatūrą, nes jas veikia daugiau ar mažiau kūno šilumos.
Sėklinės pūslelės yra šalia šlapimo pūslės pagrindo. Šios mažos į maišelį panašios struktūros jungiasi prie furgonų deferenų. Didžiąją dalį sėklinio skysčio gamina šios struktūros. Jo indėlis yra daug fruktozės, todėl spermatozoidai tiekia kurą, reikalingą mobilumui.
Prostatos liauka yra vidinė vyrų reprodukcinės sistemos dalis. Jis yra po šlapimo pūsle ir vaidina svarbų vaidmenį spermos gamyboje, tiekdamas skysčius, kurie maitina spermą. Šlaplė yra kanalas, kuriuo šlapimas teka iš šlapimo pūslės į šlapimo kanalą. Šis kanalas, einantis per prostatos liauką, taip pat neša spermą. Šlaplė yra struktūrizuota taip, kad ji neleidžia maišytis arba vienu metu transportuoti spermą ir šlapimą.
Šlaplės šonuose yra bulbouretrinės liaukos, kartais vadinamos Kauperio liaukomis. Šios struktūros gamina skaidrų skystį, kuris dažnai išsiskiria iš varpos tuo metu, kai vyras yra seksualiai susijaudinęs, bet prieš bet kokią ejakuliaciją. Faktas, kad skystis gaminasi prieš ejakuliaciją, yra reikšmingas, nes manoma, kad viena iš jo paskirčių yra tarnauti kaip lubrikantas. Manoma, kad patekęs į šlaplę, jis neutralizuoja rūgštingumą, kuris gali atsirasti dėl šlapimo.