Atvirojo kodo programų serveris skirtas dirbti su priglobtomis programomis, o tinkamo programų serverio pasirinkimas gali padėti verslui ir jo buvimui internete. Atvirojo kodo programų serveris yra skirtas programai priglobti, todėl paprastai jis turi mokėti įprastas programavimo kalbas, kad užtikrintų, jog programa tinkamai veiktų. Kai programų serveris pasiekia duomenų bazę, perteklinė informacija gali sulėtinti procesus, o perteklinio tikrinimo priemonė gali padėti optimizuoti programą. Daugelis įsilaužėlių bando patekti į sistemą per programų serverį, todėl paprastai reikalinga veiksminga apsauga. Nors atvirojo kodo taikomųjų programų serveris gali būti toks pat geras, kaip sukurtas įsitvirtinusios įmonės, taip pat gali kilti kokybės problemų, dėl kurių reikia nerimauti.
Kai programa yra priglobta atvirojo kodo programų serveryje, serveris paprastai turi suprasti kalbą, naudojamą kuriant programą. Pavyzdžiui, jei serveris nežino programavimo kalbos, gali trūkti kai kurių funkcijų, programa gali sugesti naudojimo metu arba niekada nepasileisti. Kai kurie programų serveriai leidžia vartotojams atsisiųsti naujų programavimo kalbų, tačiau tai nėra įprasta, todėl vartotojai turėtų pasirinkti programų serverius, kurių kalba yra dažniausiai naudojama.
Naudojant programą, serveris paprastai pasiekia duomenų bazę, kad gautų informaciją arba ją saugotų. Jei atvirojo kodo taikomųjų programų serveris neturi atleidimo tikrinimo funkcijos, tai gali sulėtinti operacijas. Pavyzdžiui, jei į duomenų bazę įtraukiama informacija, kuri yra tokia pati, kaip ir anksčiau saugoma informacija, tai gali suteikti duomenų bazei papildomo svorio, kurio nereikia. Tai gali turėti įtakos ne tik duomenų bazės greičiui, bet ir programai.
Naudotojams paprastai suteikiama pagrindinė prieiga prie atvirojo kodo programų serverio, todėl įsilaužėliams lengviau patekti į sistemą. Tai reiškia, kad paprastai reikia gauti programų serverį su tam tikra apsauga. Dauguma programų serverių turi pagrindinius saugos įrankius, tačiau pažangūs įrankiai gali būti geresni, kad įsilaužėliai neįsilaužtų į serverį.
Kaip atvirojo kodo programa, atvirojo kodo taikomųjų programų serveris gali turėti programavimo trūkumų, kurių dauguma uždarojo kodo programų neturi. Taip yra todėl, kad žmonės, kurie domisi programų serverio kūrimu, o ne verslu, kuris nori parduoti serverio programą visuomenei, kuria daugumą atvirojo kodo programų. Prieš pasirinkdami taikomųjų programų serverio programą, naudotojai turėtų žaisti su serveriu ir patikrinti, ar nėra klaidų.